若甲方同意减免尾款，核心处理方式需根据双方协商结果及合同履行情况确定，具体如下：

1. 书面确认减免协议
   无论原合同是否约定减免条款，均需与甲方签订书面补充协议，明确减免金额、支付时间、违约责任等核心条款。若原合同已约定减免条件（如验收合格后减免），需核实条件是否成就；若未约定，需通过补充协议重新约定。
   法律依据：根据《民法典》第543条，当事人协商一致可变更合同内容，但变更内容应明确具体，避免口头约定引发争议。

2. 审查合同履行情况

   • 若乙方已完全履行合同义务（如交付货物、完成服务），甲方减免尾款可能构成赠与或债务免除，需明确甲方是否附条件（如要求乙方开具发票、提供售后等）。
     
   • 若乙方存在违约行为（如逾期交付、质量瑕疵），甲方减免尾款可能涉及违约责任抵销，需在补充协议中明确违约责任已处理完毕，避免后续追责。
     风险提示：若未书面确认，甲方可能以“未达成减免合意”为由要求乙方继续支付尾款，甚至主张乙方违约。

3. 税务与财务处理

   • 若减免涉及增值税应税项目，乙方需按实际收款金额开具发票，避免虚开发票风险。
     
   • 财务上应将减免部分冲减应收账款，并留存补充协议作为账务处理依据。
     实务建议：建议双方在补充协议中明确“减免金额不涉及发票开具”或“按实际收款金额开具发票”，避免税务争议。

4. 争议解决条款
   在补充协议中约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）及管辖法院，降低后续纠纷成本。若原合同已约定争议解决条款，需确认补充协议是否沿用原条款或另行约定。

总结：甲方同意减免尾款时，乙方应优先通过书面补充协议固定权利义务，审查合同履行情况以规避风险，并妥善处理税务与财务问题。若涉及复杂交易结构（如关联交易、跨境支付），建议进一步提供合同文本及交易背景，以便针对性分析。