没有施工许可证，原则上不可以直接办理竣工结算，但需分情况讨论：

1. 法律强制性规定层面
   根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条及《建筑工程施工许可管理办法》相关规定，未取得施工许可证擅自施工的，属于违法行为。建设单位与施工单位签订的施工合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效（具体需结合地方司法实践及合同内容综合判断）。若合同被认定无效，则竣工结算的依据（如合同价款、结算条款等）可能丧失法律效力，需通过法院或仲裁机构根据实际施工情况重新确定工程价款，而非直接按原合同办理结算。

2. 行政处罚与结算的关联性
   未取得施工许可证的工程，建设主管部门有权责令停工、罚款，并要求补办手续。若工程已完工且未被行政机关强制拆除或要求恢复原状，理论上可补办施工许可证后进行结算。但需注意：

   • 补办许可证需满足规划、消防等验收条件，若工程本身存在违法建设（如超规划、未验收合格），可能无法补办，导致结算缺乏合法前提；
     
   • 即使补办成功，行政机关可能对违法施工期间的工程价款调整（如扣除罚款、整改费用等）提出要求，影响最终结算金额。

3. 司法实践中的处理原则
   若因未办许可证引发纠纷，法院或仲裁机构通常遵循以下逻辑：

   • 合同效力：优先审查合同是否因违法而无效。若无效，则按《民法典》第七百九十三条处理，即参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人，但补偿范围可能限于实际投入的合理成本（如材料、人工费），而非合同约定的利润或违约金；
     
   • 质量合格前提：若工程经验收质量合格，承包人仍有权主张工程价款，但需提供充分证据证明实际施工内容及成本；
     
   • 过错分担：若双方均存在过错（如发包人未督促办证、承包人未拒绝违法施工），可能按过错比例分担损失，影响最终结算金额。

4. 实务建议

   • 发包人：未办许可证可能导致工程无法合法使用、面临行政处罚或强制拆除，且需承担合同无效的主要过错责任，建议优先补办手续并协商结算；
     
   • 承包人：若工程已完工且质量合格，可主张按实际投入折价补偿，但需保留施工记录、成本凭证等证据；若工程未完工被叫停，可能仅能主张已完工部分的价款，且需扣除因违法施工导致的损失（如返工费用）。

总结：未取得施工许可证的工程，竣工结算需以合同效力、行政处罚结果及工程质量为前提。建议双方优先协商补办手续或通过法律途径明确结算依据，避免因程序违法导致权益受损。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。