针对您提出的“被起诉的酒驾案件单位如何处理员工”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、处理原则
单位在处理员工因酒驾被起诉的案件时，应坚持零容忍态度，严格依据法律法规和内部规章制度进行。酒驾是严重的违法行为，不仅危及个人和公共安全，还可能对单位的声誉和利益造成损害。因此，单位必须对此类行为采取严肃、公正的处理措施。
二、具体处理措施
纪律处分与解除劳动合同：
- 单位应首先查阅员工手册或规章制度，确认其中是否明确将酒驾被追究刑事责任列为严重违纪行为。若明确规定，单位可依据规定对员工进行纪律处分，如警告、罚款、降职、降薪等。
- 若员工酒驾行为情节严重，构成危险驾驶罪等并被追究刑事责任，单位有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，解除劳动合同。在解除前，需确保员工确实已被追究刑事责任，并依法依规办理相关解除手续。
内部通报与警示教育：
- 单位应在内部进行通报，详细说明员工的酒驾行为及其后果，以此作为警示案例，提醒其他员工遵守法律法规，杜绝酒驾等违法行为。
- 通过此次事件，加强员工的交通安全教育和法律意识培训，提高全体员工的安全防范意识，防止类似事件再次发生。
配合司法机关调查：
- 如果员工的酒驾行为涉及到交通事故或其他法律责任，单位应积极配合司法机关的调查工作，提供必要的协助和信息，如提供员工的工作记录、出勤情况等。
加强安全管理：
- 单位应反思自身在安全管理方面是否存在漏洞，如员工日常出行管理、交通安全制度等，并及时采取措施加以改进。例如，可以制定更严格的交通安全制度，加强对员工日常出行的监督和管理。
三、特殊情况处理
- 若员工酒驾行为被认定为工伤（如在执行工作任务过程中酒驾受伤且符合工伤认定的其他条件），单位在处理时需结合具体情况和法律规定谨慎处理，不能简单地以酒驾为由直接解除劳动合同。
- 对于特殊身份的员工，如公务员、参照公务员管理的工作人员或事业单位工作人员，单位在处理时还需参照相关公职人员管理规定进行，可能面临更严格的纪律处分。
四、沟通与善后
- 单位应及时与涉事员工进行沟通，告知其单位的处理决定和依据，解答员工的疑问，并了解员工的想法和困难，体现单位的人性化管理。
- 如果该事件可能对单位形象产生影响，单位需要制定对外沟通策略，向合作伙伴、客户等相关方适当说明情况，以维护单位的声誉和形象。
五、避免法律风险
在处理过程中，单位需注意避免违法解除劳动合同的风险。例如，在解除劳动合同前，需确保员工确实已被追究刑事责任，并依法依规办理相关解除手续。同时，单位还需确保内部规章制度的制定和执行符合法律法规的要求，避免因规章制度不合法而导致处理措施无效。
综上所述，单位在处理员工因酒驾被起诉的案件时，应坚持原则、依法依规处理，通过明确的纪律处分、内部通报、警示教育、配合司法机关调查以及加强安全管理等措施，确保类似问题不再发生。同时，也呼吁广大员工自觉遵守法律法规，珍惜生命和他人的安全。