针对您提出的“员工虚开发票公司被罚款怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确法律责任
首先，需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，无论是员工个人行为还是公司行为，都将受到法律的制裁。根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，虚开发票的处罚依据发票类型（增值税专用发票或普通发票）及情节严重程度（包括虚开金额、税款数额及其他严重情节）有所不同。
二、公司面临的处罚
行政处罚：
- 没收违法所得：税务机关将首先没收公司因虚开发票而获得的全部违法所得。
- 罚款：根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，则并处5万元至50万元的罚款。
刑事处罚（如构成犯罪）：
- 若虚开发票行为构成犯罪，公司可能面临更严重的刑事处罚，包括罚金、有期徒刑等。具体量刑标准依据虚开的税款数额及情节严重程度而定，如虚开增值税专用发票税款数额巨大或有其他特别严重情节的，可能面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
单位犯罪处理：
- 若公司被认定为单位犯罪，将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照上述规定处罚。
三、公司应采取的措施
积极配合调查：
- 在税务机关或司法机关进行调查时，公司应积极配合，提供必要的资料和证据，以表明公司的态度和立场。
加强内部管理：
- 公司应加强对财务和发票管理的内部监督，建立健全的财务制度和发票管理制度，确保发票的真实性和合法性。
- 加强对员工的法律培训和教育，提高员工的法律意识和风险意识，防止类似事件再次发生。
寻求法律帮助：
- 在处理此类事件时，公司可寻求专业法律人士的帮助，以更好地了解法律程序和自身权益，制定合理的应对策略。
承担责任并整改：
- 若公司确实存在虚开发票的行为，应勇于承担责任，接受处罚，并积极进行整改，以恢复公司的信誉和形象。
四、注意事项
- 各地对于具体数额标准可能存在差异，实际司法实践中应以相关法律法规、司法解释及当地司法标准为准。
- 虚开发票行为不仅会对公司造成直接的经济损失和法律处罚，还会严重影响公司的商业信誉和声誉，可能导致业务合作中断、客户流失等不利后果。因此，公司应高度重视发票管理，确保合规经营。
综上所述，员工虚开发票导致公司被罚款是一个严重的问题，公司应积极配合调查、加强内部管理、寻求法律帮助、承担责任并整改，以有效应对此类事件并保障公司的稳健发展和长期利益。