加班费仅按基本工资计算并不合法，用人单位应依据劳动者的实际工资收入和法律规定的比例来计算并支付加班费。以下是对此问题的详细解答：

一、加班费计算基数的法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费的计算基数并非仅指基本工资，而是包含了基本工资、岗位津贴、补贴等相对固定的、在正常工作时间内劳动者应得的收入部分。这一规定确保了加班费的计算能够全面反映劳动者的实际工资水平。

二、加班费支付标准的法律规定

1. 延长工作时间：用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。

2. 休息日工作：用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。

3. 法定休假日工作：用人单位安排劳动者在法定休假节日工作的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

三、仅按基本工资计算加班费的不合理性

1. 损害劳动者权益：对于工资结构复杂、包含多种津贴、补贴、绩效工资等项目的员工来说，仅按基本工资计算加班费会显著减少其应得的加班费，从而损害其经济利益。

2. 违反法律规定：根据法律规定，加班费的计算基数应包含劳动者在正常工作时间内应得的相对固定的收入部分，而不仅限于基本工资。因此，仅按基本工资计算加班费可能违反相关法律法规。

四、实际操作中的建议

1. 明确劳动合同约定：用人单位应在劳动合同中明确约定工资数额及加班费计算基数，确保符合法律规定并保障劳动者权益。

2. 按实际工资计算：当劳动合同没有明确约定或约定不明确时，应以实际工资作为加班费计算基数，包括基本工资、岗位津贴、补贴等固定性收入。

3. 劳动者权益保障：如果劳动者认为按基本工资计算加班费不合理，应首先与用人单位进行协商沟通。若协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来说，加班费仅按基本工资计算是不合法的。用人单位应严格按照法律规定和劳动者的实际工资收入来计算并支付加班费，以保障劳动者的合法权益。劳动者在遇到此类问题时，应积极维护自己的权益，通过合法途径寻求救济。