药店医保违规罚款由员工承担通常是不合法的。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确医保违规罚款的处罚对象。根据《医疗保障基金使用监督管理条例》以及各地医保部门的相关规定，医保违规行为的处罚主要是针对定点医药机构及其相关责任人员，如主要负责人、执业药师等。这些处罚措施旨在维护医保基金的安全和有效使用，防止欺诈骗保等违法行为的发生。

在药店医保违规的案例中，如海南省三亚市北京同仁堂海口药店有限责任公司三亚分公司、三亚新风街店协助中介公司、参保人员有组织套取职工参保人员个人账户资金案例，以及江西省赣州市赣州经济技术开发区康佰家福康大药房万达广场店、赣州呈祥大药房有限公司伪造处方、串换药品骗取医保基金案例等，都是对药店及其相关责任人员进行了处罚，而非直接对员工个人进行罚款。

员工在药店的工作中，虽然可能涉及到医保业务的具体操作，但他们的行为通常是代表药店进行的。因此，当药店出现医保违规行为时，责任应由药店及其相关责任人员承担，而不是直接转嫁给员工个人。

当然，如果员工个人存在故意欺诈骗保等违法行为，那么他们可能会面临法律的制裁，但这与药店因违规行为而受到的罚款是两个不同的概念。员工个人的违法行为应由其个人承担法律责任，而不应与药店的违规罚款混为一谈。

综上所述，药店医保违规罚款由员工承担通常是不合法的。药店及其相关责任人员应承担医保违规行为的法律责任，而员工个人则不应直接承担药店的违规罚款。如果员工对药店的医保违规行为有异议或认为自己的权益受到侵害，可以向相关部门进行投诉或寻求法律援助。