公司发现金工资流水，并不直接等同于违法，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从多个角度为您详细分析：

1. 法律合规性角度

• 现金支付的合法性：根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，现金作为人民币的具体表现形式之一，是合法的支付手段。因此，公司以现金形式发放工资，从法律层面看是被允许的。
• 公司章程与内部规定：若公司章程或相关制度明确规定了工资支付方式（如银行转账），则公司应遵循该规定。若未明确规定，则现金支付不违反公司内部规定。

2. 税务与财务管理角度

• 税务风险：税务机关通常依赖银行转账记录来监管企业工资发放及员工收入情况。现金发放可能导致税务部门难以准确掌握企业薪资支出，进而怀疑存在隐瞒收入、偷逃税款等行为。一旦查实，企业和责任人将面临税务处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
• 财务管理风险：大量使用现金支付工资会增加企业财务管理的复杂性和成本，包括现金的保管、运输等安全风险，以及财务核算和审计的准确性问题。

3. 劳动纠纷角度

• 举证难度：在劳动纠纷中，银行转账记录是重要的证据材料。现金发放缺乏明确的支付凭证，可能增加企业在处理劳动争议时的举证难度。例如，在员工主张未足额支付工资时，企业可能因无法提供现金支付的有效证据而承担不利后果。

4. 合法合规建议

• 确保支付方式合规：公司应确保工资支付方式既符合法律规定，也符合公司章程及内部规章制度的要求。若公司章程或制度未明确规定支付方式，建议优先考虑银行转账等电子化方式，以降低潜在风险。
• 建立完善记录机制：无论采用何种支付方式，都应建立完善的财务记录和税务申报机制，确保薪资支付的透明度和合法性。对于现金支付，应保留详细的支付记录，包括支付时间、金额、支付对象及支付原因等，以备查验。
• 特殊情况处理：若公司因特殊原因需以现金形式支付工资（如员工无银行账户、紧急支付等），应确保有充分的理由和合理的解释，并尽可能保留相关证据和记录。在任何情况下，都不应以逃避税务、规避劳动法规等非法目的为前提来选择支付方式。

5. 潜在法律后果

• 若公司因现金支付工资而涉嫌偷逃税款或违反其他税务规定，将面临税务部门的处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
• 在劳动纠纷中，若因现金支付导致举证困难而败诉，公司可能需承担额外的经济赔偿责任。

总结来说，公司发现金工资流水并不直接违法，但需注意遵守相关法律法规、公司章程及税务和会计规定。为降低潜在风险，建议公司优先考虑通过银行转账等电子化方式支付工资，并建立完善的财务记录和税务申报机制。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。