结论前置：国企员工16年前吸毒被公安机关拘留，现在被单位知道，单位仍可能依据相关规定进行处理，但具体处理方式需结合实际情况判断，且不存在所谓的“时效”问题。以下从法律和企业内部管理两个层面进行详细分析：
一、法律层面
治安管理处罚的时效性：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十二条，违反治安管理行为在六个月内没有被公安机关发现的，不再处罚。然而，此条款针对的是未被发现的违法行为，若违法行为已被公安机关发现并处理（如拘留），则不受此时效限制。因此，16年前的吸毒拘留记录，在法律上仍然有效，不会因时间流逝而失效。
强制隔离戒毒的适用性：
- 强制隔离戒毒的适用主要基于当前的吸毒成瘾状态及行为表现，而非过去的拘留记录。若员工现在仍存在吸毒行为或成瘾问题，且符合《中华人民共和国禁毒法》第三十八条规定的情形，公安机关仍可作出强制隔离戒毒的决定。但此情况与16年前的拘留记录无直接关联，而是基于当前事实。
劳动合同解除的法律依据：
- 虽然吸毒被行政拘留不属于被依法追究刑事责任的范畴，但根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条及国企通常的规章制度，员工吸毒等严重违反治安管理规定且情节严重的行为，可被视为严重违反用人单位规章制度。因此，企业有权依据合法制定的规章制度，解除与该员工的劳动合同。这一权利不受时间限制，只要员工存在严重违反规章制度的行为，企业即可行使。
二、企业内部管理层面
单位处理权限与程序：
- 国企作为用人单位，有权根据内部规章制度对员工进行管理。对于员工吸毒被拘留的行为，单位可依据规章制度进行事实确认、沟通、调查等程序，并根据情节轻重给予相应的行政处分（如警告、记过、记大过、降级、撤职等）或解除劳动合同。这些处理措施同样不受时间限制，只要事实清楚、证据确凿，单位即可依法依规处理。
绩效考核与晋升影响：
- 吸毒被拘留的事件将对员工的绩效考核产生严重影响。在绩效考核中，道德品质、行为规范是重要的考核指标。此类不良行为可能导致员工被评为不合格或较低等级，进而影响工资调整、奖金发放及晋升机会。这种影响是长期的，不会因时间流逝而自动消除。
帮助与辅导义务：
- 除了纪律处分外，单位还应考虑采取积极措施帮助员工戒除毒瘾，如提供戒毒治疗、心理辅导等。这不仅有助于员工个人健康和家庭幸福，也有助于维护单位的整体形象和稳定。然而，这一义务并不免除单位对员工违法行为的处理责任。
综合建议：
- 对于国企员工而言，应严格遵守法律法规和单位规章制度，远离毒品等违法物品，维护个人形象和单位声誉。
- 若单位发现员工存在吸毒等违法行为，应及时与公安机关沟通确认事实情况，并依据内部规章制度进行合法合规的处理。
- 在处理过程中，单位应充分保障员工的合法权益，如提供申诉渠道、听取员工陈述和申辩等，确保处理结果的公正性和合理性。
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