结论：工程款已开发票后，能否直接通过代付协议将款项发放给农民工，需分情况讨论，具体如下：

1. 若代付协议符合法律规定且程序合法，可以直接发放
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条规定，分包单位（或总承包单位）可委托施工总承包单位代发农民工工资，但需满足以下条件：

   • 协议合法性：代付协议需明确约定代发主体、金额、支付对象（农民工个人账户）、支付时间等核心条款，且双方签字盖章确认；
     
   • 农民工授权：需取得农民工本人书面授权，明确同意由第三方代发工资，避免后续纠纷；
     
   • 资金监管合规：若涉及专户管理（如农民工工资专用账户），需确保代付资金从专用账户划转，且符合当地人社部门监管要求。
     

2. 若代付协议存在瑕疵或程序违法，可能面临法律风险

   • 合同相对性风险：工程款发票的开具方（如分包单位）与代付方（如总承包单位）若未明确约定代付义务，可能引发“无权处分”争议，导致农民工工资支付责任主体不清；
     
   • 税务合规风险：若代付行为被认定为“变相转移债务”或“虚构交易”，可能涉及虚开发票、偷逃税款等税务违法问题；
     
   • 农民工权益保障风险：若代付协议未明确农民工个人账户信息，或未留存支付凭证，可能导致农民工主张工资时缺乏证据，引发劳动争议。
     

实务建议：

• 签订代付协议前，建议核对工程款发票金额与农民工工资总额是否匹配，避免超付或欠付；
  
• 代付协议需附农民工名单、身份证号、银行账户信息及工资明细表，确保支付对象真实可追溯；
  
• 完成代付后，留存银行转账记录、农民工签字确认的工资表等证据，以备后续核查。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询工程款支付、农民工权益保障等领域的法律问题。