当检察院认为不构成犯罪，决定不起诉时，已交的违法所得公安局会依法进行处理，具体处理方式如下：
违法所得的返还或上缴：
- 若违法所得属于被害人合法财产，公安机关在确认案件不构成犯罪后，应当及时返还给被害人，以恢复其合法权益。例如，在诈骗案件中，若检察院认为不构成犯罪，公安机关应将诈骗所得返还给受害人。
- 若违法所得无法确定具体被害人，或属于应上缴国库的财物，公安机关应按照相关规定上缴国库。这通常涉及非法所得、违禁品等无法直接返还给个人的财物。
解除相关措施：
- 在侦查过程中，若公安机关对违法所得采取了查封、扣押、冻结等措施，一旦检察院决定不起诉，公安机关应立即解除这些措施，确保相关财物的正常流通和使用。例如，若对某银行账户进行了冻结，公安机关在确认案件不构成犯罪后，应立即解冻该账户。
程序合规性审查：
- 公安机关在处理违法所得时，必须严格遵守法定程序，确保处理过程的合法性和正当性。这包括但不限于制作详细的财物清单、通知相关当事人、办理返还或上缴手续等。
法律背景与建议：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在侦查过程中查封、扣押、冻结的财物，若经检察院审查认为不构成犯罪，应依法予以返还或上缴。这是保障公民合法权益、维护司法公正的重要体现。
- 建议：若您或他人遇到类似情况，建议及时与公安机关沟通，了解违法所得的具体处理进展。同时，保留好相关证据和文件，以便在需要时维护自己的合法权益。若对公安机关的处理结果有异议，可以依法申请复议或提起诉讼。
可能遇到的法律后果：
- 若公安机关未依法处理违法所得，如未及时返还给被害人或上缴国库，可能面临法律监督和责任追究。这包括但不限于上级公安机关的监督、检察院的法律监督以及相关当事人的诉讼等。
- 对于办案民警而言，若其在处理违法所得过程中存在违法违纪行为，如滥用职权、玩忽职守等，将依法受到党纪政纪处分，构成犯罪的，还会依法追究刑事责任。
总结与进一步思考：
当检察院认为不构成犯罪并决定不起诉时，公安机关对违法所得的处理必须严格遵守法定程序和规定。这不仅关乎公民的合法权益，也关乎司法公正和程序正义。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。