结论：事业单位的污水站若5年未交工但正常排放污水，能否拿到许可证需视具体情况而定，主要取决于是否满足《环境保护法》及相关排污许可管理规定的条件。以下从多个角度进行分析：
一、排污许可证的申请条件
根据《环境保护法》及相关排污许可管理规定，申请排污许可证需满足一系列条件，包括但不限于：
- 建设项目环境影响评价：污水站作为建设项目，需依法进行环境影响评价，并取得相应的批准文件。若5年内未交工可能意味着未完成环境影响评价或未取得批准，这将直接影响排污许可证的申请。
- 环保设施建设与运行：污水站需建设符合环保要求的污水处理设施，并确保其正常运行，达到国家或地方规定的排放标准。若污水站虽未交工但已建成并正常运行，且排放达标，则可能具备申请条件；反之，则不具备。
- 排污申报与监测：申请排污许可证前，需按规定进行排污申报，并接受环保部门的监测。若污水站未进行排污申报或监测数据不达标，将无法获得排污许可证。
二、未交工对排污许可证申请的影响
- 未完成环境影响评价：若污水站因未交工而未完成环境影响评价，则无法满足排污许可证申请的基本条件，因此无法获得许可证。
- 环保设施未建成或未运行：若污水站因未交工而环保设施未建成或未运行，即使排放达标（在理论上不可能，因为设施未运行无法处理污水），也因缺乏必要的环保设施而无法获得排污许可证。
- 排污申报与监测缺失：未交工可能导致污水站未进行排污申报或接受监测，这也是申请排污许可证的必要条件之一。缺失这些环节将直接影响许可证的申请。
三、特殊情况下的考虑
- 部分建成并运行：若污水站虽未整体交工，但部分设施已建成并正常运行，且排放达标，同时已完成环境影响评价和排污申报等必要手续，那么这部分设施可能具备申请排污许可证的条件。但需注意，这通常需要环保部门的特别批准或分期验收等程序。
- 整改与补办手续：若污水站因未交工而存在上述问题，但后续进行了整改并补办了相关手续（如完成环境影响评价、建设环保设施、进行排污申报等），那么在整改完成后，污水站可能具备申请排污许可证的条件。
四、法律建议
- 尽快完成交工手续：事业单位应尽快完成污水站的交工手续，确保所有环保设施建成并正常运行，以满足排污许可证申请的基本条件。
- 补办相关手续：若因未交工而缺失必要手续（如环境影响评价、排污申报等），应尽快补办，以避免影响排污许可证的申请。
- 咨询环保部门：在申请排污许可证前，建议咨询当地环保部门，了解具体的申请条件和流程，以及可能存在的特殊情况或例外规定。
总结：事业单位的污水站若5年未交工但正常排放污水，能否拿到许可证需视具体情况而定。关键在于是否满足排污许可证的申请条件，包括环境影响评价、环保设施建设与运行、排污申报与监测等方面。若存在缺失或不符合条件的情况，需尽快整改并补办相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。