非婚生子协商协议仅填写孩子身份证号而未填写双方身份证号，该协议在法律上并非完全无效，但可能存在效力瑕疵，建议补充完整双方身份信息以确保协议的全面有效性。以下从不同角度进行分析：

1. 协议效力基础
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效需满足：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。协议内容若未违反上述原则，即使未填写双方身份证号，仍可能被认定为有效。但身份证号作为确认当事人身份的关键信息，缺失可能导致协议在履行或争议解决时面临身份识别困难。

2. 身份信息缺失的影响

   • 履行阶段：若协议涉及抚养费支付、探视权行使等具体义务，缺乏双方身份证号可能导致义务主体不明确，增加执行难度。
     
   • 争议解决阶段：在诉讼或仲裁中，法院或仲裁机构需通过身份信息确认当事人主体资格。若协议未记载，可能需额外补充证据（如户口本、出生证明等）证明双方与孩子的关系，延长争议解决周期。

3. 法律建议

   • 补充身份信息：建议双方在协议中完整填写姓名、身份证号、联系方式等基本信息，并附上身份证复印件作为附件，以增强协议的证明力。
     
   • 公证或见证：若协议内容复杂或涉及重大利益（如高额抚养费、财产赠与等），可考虑办理公证或邀请第三方见证，进一步固化协议效力。
     
   • 法律审查：在签署前，可由律师对协议条款进行审查，确保内容合法、权利义务明确，避免因条款瑕疵导致协议无效或部分无效。

总结：非婚生子协商协议未填写双方身份证号虽不必然导致无效，但可能影响协议的履行和争议解决。为保障双方权益，建议补充完整身份信息，并在必要时寻求专业法律支持。如有进一步疑问，可直接向我咨询。