当房产证和协议在房屋权属问题上产生矛盾时，房屋的权属最终应以不动产登记簿（即房产证）的记载为准，但具体判定还需结合实际情况和相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
物权法定原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。这意味着，房产证作为不动产登记的重要凭证，具有公示公信的效力，是判断房屋权属的主要依据。
合同相对性原则：
- 协议（如买卖合同、赠与合同等）是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，其效力主要及于合同双方。虽然协议可以约定房屋的归属，但如果未办理过户登记，则不能对抗善意第三人，即不能仅凭协议就主张房屋的所有权。
证据效力层级：
- 在司法实践中，房产证的证明力通常高于一般协议。因为房产证是由国家行政机关颁发的，具有较高的权威性和公信力。而协议则可能存在伪造、篡改等风险，其真实性需要法院进行审查。
二、不同情形下的权属判断
已办理过户手续：
- 如果买卖双方已经签订了房屋买卖合同，并办理了过户手续，取得了房产证，那么无论之前的协议如何约定，房屋的权属都应以房产证上的记载为准。此时，原房主无权再主张房屋的所有权。
未办理过户手续：
- 如果双方仅签订了房屋买卖合同或其他协议，但未办理过户手续，那么房屋的权属仍然属于原房主。即使买方已经支付了全部购房款并实际占有使用了该房屋，也不能仅凭协议就主张房屋的所有权。在这种情况下，如果发生纠纷，法院通常会判决房屋归原房主所有，但原房主可能需要退还购房款并赔偿买方的损失。
存在特殊约定或法律规定：
- 在某些特殊情况下，如夫妻财产分割、继承等，可能存在特殊的法律规定或约定。例如，在夫妻关系存续期间购买的房屋，即使只登记在一方名下，也可能被视为夫妻共同财产。此时，需要根据具体情况和相关法律规定来判断房屋的权属。
三、解决建议
及时办理过户手续：
- 为了避免因房产证和协议不一致而产生的纠纷，建议在签订房屋买卖合同或其他协议后，尽快办理过户手续，确保房屋的权属得到法律的认可和保护。
保留相关证据：
- 在交易过程中，应妥善保管好相关证据，如合同、付款凭证、收据等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用，有助于证明自己的权益。
寻求法律帮助：
- 如果遇到复杂的权属纠纷问题，比如涉及特殊约定、法律规定不明确或存在争议的情况，建议及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，房产证和协议在房屋权属问题上产生矛盾时，应以房产证为准，但具体还需结合实际情况和相关法律规定进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。