关于乙方逾期支付进度款违约金的计算方式，需根据合同约定及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若双方签订的合同中已明确约定逾期支付进度款的违约金计算方式（如按日计算固定比例、按未支付金额的百分比计算等），则优先适用合同约定。但需注意：

   • 违约金上限：根据《民法典》第五百八十五条，若约定的违约金过分高于实际损失（通常超过损失的30%），违约方有权请求法院或仲裁机构予以调减；若过低，守约方可请求增加。
     
   • 举证责任：主张调整违约金的一方需提供证据证明实际损失（如资金占用利息、融资成本等）。
     

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未约定违约金或约定不明确，可参考以下方式处理：

   • 法定违约金：法律未直接规定逾期支付进度款的违约金标准，但可依据《民法典》第五百七十七条，要求违约方赔偿实际损失（如逾期付款导致的利息损失，通常按LPR计算）。
     
   • 补充协商：双方可协商补充约定违约金条款，或通过调解、诉讼等方式确定赔偿金额。
     

3. 实务建议

   • 合同审查：签订合同时，建议明确约定违约金计算方式（如“每日按未支付金额的0.05%支付违约金”），并约定上限（如“不超过未支付金额的20%”），以减少争议。
     
   • 证据留存：逾期发生后，及时固定证据（如催款通知、付款记录、损失计算依据等），以便后续维权。
     

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