发包人逾期支付进度款违约金的计算方式，需根据合同约定、法律规定及实际履行情况综合确定，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已约定逾期支付进度款的违约金计算方式（如按日万分之X计算、固定比例或金额等），原则上应按合同约定执行。但需注意：

   • 违约金合理性审查：若约定过高（超过实际损失的30%），发包人可能主张调减；若约定过低，承包人可主张调增（《民法典》第585条）。
     
   • 计算基数：通常以逾期未支付的进度款金额为基数，按约定比例或方式计算。
     
   • 起算时间：一般从合同约定的支付期限届满次日起算，至实际支付日止。
     

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未约定违约金，承包人可主张以下赔偿：

   • 逾期付款损失：以逾期未支付的进度款为基数，按同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）的1.5倍计算资金占用费（《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第26条）。
     
   • 实际损失赔偿：若承包人能证明因发包人逾期付款导致其他损失（如停工损失、材料涨价损失等），可要求发包人另行赔偿，但需承担举证责任。
     

3. 特殊情形下的调整

   • 发包人抗辩权：若发包人能证明逾期支付系因承包人原因（如未提交合格结算资料、工程质量问题等），可能免除或部分免除违约金责任。
     
   • 不可抗力影响：若逾期支付因不可抗力导致，发包人可主张免责，但需及时通知承包人并提供证明。
     

建议：

• 签订合同时，明确约定逾期支付违约金的计算方式（如“按日万分之三计算，累计不超过未付款的10%”），避免争议。
  
• 逾期发生后，及时书面催告发包人支付，并保留催告记录（如EMS回执、微信记录等），作为主张违约金的证据。
  
• 若协商无果，可依据合同约定或法律规定，通过诉讼或仲裁要求发包人支付违约金及实际损失。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。