针对您提出的“员工自身有疾病公司怎么辞退”的问题，这确实是一个涉及法律程序和员工权益保护的重要议题。以下是我为您详细梳理的解答：

一、医疗期内的保护原则

首先，需要明确的是，员工在医疗期内享有特殊的法律保护。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《劳动合同法》的相关规定，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据其实际参加工作年限和在本单位工作年限，享有一定期限的医疗期，这个期限从三个月到二十四个月不等。在医疗期内，除非员工存在严重过错（如严重违反规章制度、严重失职等），否则用人单位不得解除劳动合同。

二、医疗期满后的处理流程

若医疗期满，员工仍不能从事原工作，用人单位应先考虑为其另行安排工作岗位，并进行工作考核。这是为了确认员工是否能胜任新工作。如果员工仍不能胜任，用人单位可以依据《劳动合同法》第四十条的规定，提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付一个月工资（即“代通知金”）后，解除劳动合同。同时，用人单位还需按照员工的工作年限支付相应的经济补偿金。

三、特殊情况的继续保护

需要注意的是，如果员工患的是职业病或因工负伤，并被确认丧失或部分丧失劳动能力，那么即使医疗期满，用人单位也不得解除劳动合同。这是法律对这类特殊员工的额外保护。

四、辞退程序的合法性要求

用人单位在辞退员工时，必须严格遵守法定程序。这包括提前通知或支付代通知金、支付经济补偿金等。如果用人单位未按照法定程序进行辞退，可能构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。

五、员工应对策略

作为员工，如果您在患病期间被公司辞退，首先应确认辞退行为的合法性。您可以收集相关证据，如病假条、诊断证明、辞退通知等，以证明自己的权益。然后，您可以尝试与公司进行友好沟通，说明自己的病情、治疗情况及继续工作的意愿，争取撤回辞退决定或调整工作岗位。如果沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认公司违法解除劳动合同并支付赔偿金。

六、赔偿与补偿规定

如果用人单位违法解除劳动合同，根据《劳动合同法》的相关规定，您有权要求继续履行劳动合同或要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。而如果用人单位是合法解除劳动合同，那么应按照您的工作年限支付相应的经济补偿金。

综上所述，员工在患病期间被公司辞退是一个复杂的问题，涉及多个法律条款和程序。为了确保操作的合法性和规范性，建议用人单位在处理此类事务时咨询专业律师或法律顾问的意见。同时，作为员工，您也应充分了解自己的权益和应对策略，以维护自己的合法权益。