针对您提出的“邻居建房未按协议但房已建好该怎么办”这一问题，核心结论是您可以通过协商、调解、行政投诉或法律诉讼等途径来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：

1. 协商与沟通：

   • 首先，您可以尝试与邻居进行友好协商，明确指出其建房行为违反了双方之前达成的协议，并表达您的关切和诉求。
   • 在协商过程中，您可以提出合理的解决方案，如要求邻居对违反协议的部分进行整改、赔偿损失或达成新的补偿协议等。

2. 调解处理：

   • 如果协商无果，您可以考虑邀请第三方调解机构或社区、村委会等基层组织介入调解。
   • 调解机构或组织会依据相关法律法规和双方协议，提出公正合理的调解方案，促使双方达成和解。

3. 行政投诉：

   • 如果邻居的建房行为不仅违反了双方协议，还违反了城乡规划、土地管理等相关法律法规，您可以向当地城乡规划部门、土地管理部门等行政机关进行投诉。
   • 行政机关在接到投诉后，会依法进行调查处理，对违法行为进行纠正，并可能对邻居进行行政处罚。

4. 法律诉讼：

   • 如果上述途径均无法解决问题，您可以考虑通过法律诉讼来维护自身权益。
   • 您可以向法院提起民事诉讼，要求邻居承担违约责任，赔偿因违反协议给您造成的损失。
   • 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明邻居的违约行为以及您因此遭受的损失。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 保留证据：确保您保存好与邻居签订的协议、沟通记录、现场照片或视频等证据，以便在协商、调解或诉讼过程中使用。
• 了解法律法规：熟悉相关的城乡规划、土地管理、合同法等法律法规，以便更好地维护自身权益。
• 理性处理：在处理过程中保持冷静和理性，避免情绪化行为导致问题进一步恶化。

如果您在处理过程中遇到任何法律难题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。