肝功能异常入职被拒是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的合法性分析
在大多数情况下，用人单位以肝功能异常为由拒绝求职者入职，可能构成就业歧视，尤其是当肝功能异常并不影响求职者正常履行工作职责时。根据我国相关法律法规，用人单位在招用人员时，应当遵循公平、公正的原则，不得因求职者的身体状况（除非该身体状况直接影响工作能力或存在法律、行政法规和国务院卫生行政部门明确禁止的情形）而拒绝录用。
二、特殊情况下的合法性分析
特定行业要求：
- 对于一些对从业者身体健康有特别要求的特殊行业，如食品加工、餐饮服务等，用人单位可能根据相关法律法规或行业标准，要求求职者提供近期的体检报告，包括肝功能检查。若求职者的肝功能异常且不符合该行业的健康标准，用人单位拒绝录用可能是合法的。但这种情况下的拒绝录用应当有明确的法律依据或行业标准作为支撑，且该标准应当合理、必要。
肝功能异常影响工作能力：
- 如果求职者的肝功能异常严重到影响其正常履行工作职责的程度，如导致频繁请假、无法胜任高强度工作等，用人单位拒绝录用可能是出于对工作质量和效率的考虑，这种情况下可能不构成就业歧视。但用人单位需要提供充分的证据证明肝功能异常确实影响了求职者的工作能力。
三、应对措施与建议
与雇主沟通：
- 如果您因肝功能异常被拒绝入职，首先可以尝试与雇主进行沟通，了解拒绝录用的具体原因，并解释肝功能异常并不一定影响您的工作能力。您可以提供相关的医疗证明或医生的建议，以证明您能够胜任该职位。
向相关部门投诉：
- 如果您认为用人单位的拒绝录用行为构成了就业歧视，您可以向当地的劳动监察部门或人力资源和社会保障部门投诉。这些部门将对此进行调查，并根据调查结果责令用人单位改正违法行为，可能对其进行处罚。
申请劳动争议仲裁：
- 如果与雇主无法达成和解，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，您需要提供充分的证据，如录用通知、体检报告、与雇主的沟通记录等，以证明您遭到了不合理的拒绝录用。仲裁结果可能包括恢复劳动关系、赔偿损失等。
法律咨询与援助：
- 在整个过程中，如果您需要更具体的法律建议和指导，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况，为您提供全面的法律援助和支持。
总结来说，肝功能异常入职被拒是否合法，需根据具体情况来判断。如果肝功能异常并不影响您正常履行工作职责，且用人单位无法提供合理的拒绝录用理由，那么这种拒绝录用行为可能构成就业歧视。在这种情况下，您有权采取相应的措施来维护自己的合法权益。