在刑事案件立案侦查后，若发现部分嫌疑人实际上并无犯罪事实，司法机关会遵循一系列严谨、公正的程序来处理，以确保法律的公正执行和无辜者的权益得到充分保障。以下是详细的处理流程：
一、确认无犯罪事实
首先，司法机关会对案件材料进行全面、细致的审查，包括报案记录、调查取证结果等，以客观、严谨的态度评估案件情况。若经过审查，确认某部分嫌疑人没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，则进入下一步处理流程。
二、撤销案件或作出不起诉决定
公安机关立案侦查阶段：
- 若公安机关在侦查过程中发现某部分嫌疑人没有犯罪事实或犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，应当制作撤销案件决定书，报经上级领导批准后执行。同时，立即释放被采取强制措施的犯罪嫌疑人，并通知原批准逮捕的人民检察院（如有逮捕措施）。
人民检察院自侦案件或审查起诉阶段：
- 人民检察院对直接受理的案件侦查终结后，或审查公安机关移送起诉的案件时，若发现某部分嫌疑人没有犯罪事实或犯罪事实并非其所为，应当作出不起诉决定。立即释放已被逮捕的犯罪嫌疑人，并通知公安机关或相关当事人。
审判阶段：
- 在审判过程中，若合议庭认为证据不足以证明某部分嫌疑人的犯罪事实存在，或认定其无罪更为合理，应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。立即释放被告人，并告知其诉讼权利和救济途径。
三、解除强制措施并通知当事人
- 撤销案件或不起诉决定作出后，司法机关应立即解除之前对该部分嫌疑人采取的强制措施（如拘留、逮捕等）。同时，书面通知被采取强制措施的人及其家属，告知撤销案件或不起诉的决定及其理由，以及当事人享有的诉讼权利和救济途径。
四、开具无罪证明与申请国家赔偿
- 开具无罪证明：嫌疑人可向公安机关要求开具无罪证明，作为后续处理的依据。这有助于撤销限制人身自由等措施，并可作为恢复名誉、申请国家赔偿等的凭证。
- 申请国家赔偿：若嫌疑人因错误的立案侦查和强制措施遭受了人身自由限制或其他损害，且符合国家赔偿条件，有权依法申请国家赔偿。赔偿义务机关应按照《中华人民共和国国家赔偿法》的规定给予相应赔偿。
五、移送相关线索与追究责任
- 移送相关线索：若在侦查过程中发现案件虽不构成犯罪，但存在其他违法违规线索（如民事纠纷、行政违法行为等），侦查机关应将相关线索移送至有管辖权的部门处理。
- 追究责任：若侦查机关的行为存在违法，如非法拘禁、侵犯人身自由等，嫌疑人可以向上级公安机关或监察机关投诉举报，并依法追究相关责任人的法律责任。
综上所述，刑事案件立案侦查后发现部分嫌疑人无罪时，司法机关会严格按照法定程序处理，确保无辜者的合法权益得到充分保障。同时，也会追究相关责任人的法律责任，以维护法律的公正与权威。