结论：公司注销两年后由于在经营期间的经济犯罪行为被起诉并败诉，处理方式需根据具体情况而定，但通常涉及公司剩余财产的处理、股东或相关责任人的责任承担以及可能的执行程序。以下是对此问题的详细分析：
一、公司注销后的法律状态
公司注销后，其法人资格即告终止，不再具有民事权利能力和民事行为能力。然而，这并不意味着公司注销前的所有法律责任都随之消灭。特别是对于经济犯罪行为，如果犯罪行为发生在公司注销前，且该行为与公司注销后的法律后果有关联，那么相关责任仍可能被追究。
二、败诉后的法律后果
公司剩余财产的处理：
- 如果公司注销时仍有剩余财产，且这些财产与经济犯罪行为有关，那么败诉后，这些财产可能被用于赔偿受害者或缴纳罚款。
- 如果公司注销时财产已经分配完毕，且没有留下足够的财产用于赔偿或缴纳罚款，那么可能需要追究股东或相关责任人的个人责任。
股东或相关责任人的责任承担：
- 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，如果公司经济犯罪行为构成犯罪，且股东或相关责任人明知或应知该行为而未阻止，那么他们可能需承担相应的刑事责任。
- 在民事方面，如果股东或相关责任人存在过错，如未尽到勤勉尽责义务，导致公司经济犯罪行为发生，那么他们可能需对受害者承担民事赔偿责任。
执行程序：
- 败诉后，法院将出具执行裁定书，要求被执行人（可能是公司原股东或相关责任人）履行赔偿或缴纳罚款的义务。
- 如果被执行人拒不履行，法院可以采取强制执行措施，如查封、扣押、拍卖财产等。
三、具体处理建议
审查公司注销程序：
- 确认公司注销时是否依法进行了清算，并妥善处理了公司财产和债务。
- 如果发现注销程序存在瑕疵或违法行为，可能需要通过法律途径进行纠正。
评估股东或相关责任人的责任：
- 根据经济犯罪行为的具体情况和相关法律法规，评估股东或相关责任人是否需承担责任以及承担何种责任。
- 如果需要承担责任，建议主动与受害者或法院沟通，寻求和解或分期履行等解决方案。
准备应对执行程序：
- 如果败诉后进入执行程序，被执行人应积极配合法院的工作，如实申报财产状况。
- 如果确实无力履行义务，可以向法院申请暂缓执行或分期履行，并提供相应的证据支持。
进一步思考：在处理此类案件时，还需注意区分公司注销前的经济犯罪行为与注销后的法律后果之间的关联性。如果经济犯罪行为与公司注销后的法律后果无直接关联，那么可能无需追究公司或股东的责任。此外，还需关注相关法律法规的更新和变化，以确保处理方案的合法性和有效性。
最后，如果您或您的公司面临类似问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。