结论前置：交通事故中，医院只开了三天休息的证明而不肯开休假多天的证明，确实可能影响赔偿，但具体影响程度需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、医院证明在赔偿中的作用
在交通事故赔偿中，医院出具的休息证明（通常称为“病假条”或“诊断证明书”）是确定受害人误工时间的重要依据。误工时间的长短直接影响到误工费的计算，而误工费是交通事故赔偿中的一项重要内容。因此，医院证明在赔偿过程中具有举足轻重的地位。
二、医院只开三天证明的可能原因及影响
病情轻微或恢复迅速：
- 如果受害人的伤情确实轻微，或者恢复速度较快，医院可能根据实际情况只开具三天的休息证明。
- 在这种情况下，如果受害人实际误工时间确实只有三天，那么医院的证明是准确的，不会影响赔偿。但如果受害人实际误工时间超过三天，而医院未开具相应天数的证明，则可能影响误工费的计算。
医院规定或医生判断：
- 有些医院可能有内部规定，限制医生开具病假条的天数，或者医生根据受害人的病情和恢复情况，判断只需要休息三天。
- 如果受害人认为需要更长时间的休息，但医院拒绝开具更长时间的证明，受害人可以尝试与医院沟通，或者寻求其他医疗机构的意见。
三、应对策略及建议
与医院沟通：
- 如果受害人认为需要更长时间的休息，但医院只开具了三天的证明，可以首先尝试与医院沟通，说明自己的实际情况和需求，看是否能够获得更长时间的证明。
寻求其他医疗机构的意见：
- 如果与医院沟通无果，受害人可以寻求其他医疗机构的意见，看是否能够获得更长时间的休息证明。但需要注意的是，不同医疗机构的诊断结果可能存在差异，因此需要谨慎选择。
法律途径：
- 如果受害人认为医院的证明不合理，且影响了自己的赔偿权益，可以考虑通过法律途径解决。例如，可以委托律师向法院提起诉讼，要求法院根据实际情况确定误工时间，并据此计算误工费。
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条：“误工费根据受害人的误工时间和收入状况确定。误工时间根据受害人接受治疗的医疗机构出具的证明确定。受害人因伤致残持续误工的，误工时间可以计算至定残日前一天。”因此，如果医院出具的证明与实际情况不符，受害人有权要求法院进行合理判断。
收集其他证据：
- 除了医院证明外，受害人还可以收集其他证据来证明自己的误工时间，如工作单位的请假记录、工资单、社保缴纳记录等。这些证据可以作为辅助材料，帮助法院更准确地确定误工时间。
四、注意事项
- 在处理交通事故赔偿问题时，受害人应保持冷静和理性，避免与医院或保险公司发生不必要的冲突。
- 如果对赔偿问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更准确的法律意见和帮助。
最后，交通事故中医院证明对于赔偿具有重要影响，但具体影响程度需结合实际情况判断。如果受害人认为医院的证明不合理或影响了自己的赔偿权益，可以采取上述策略进行应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。