针对您提出的“地籍调查发现违建如何处理”的问题，这是一个涉及城乡规划、土地管理以及行政执法等多个方面的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：
一、违建认定
首先，需要明确的是，违建的认定主要依据城乡规划、土地管理等相关法律法规。一般来说，未经规划许可或违反规划许可内容建设的建筑物、构筑物，以及超过规划许可期限未拆除的临时建筑物等，都可能被认定为违建。
二、处理流程
责令停止建设：
- 城乡规划主管部门或城管执法部门在发现违建后，会首先责令当事人停止建设行为。
责令限期改正或拆除：
- 对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的违建，主管部门会责令限期改正，并依法处以罚款。
- 对于无法采取改正措施消除影响的违建，主管部门会责令限期拆除，并依法处以罚款。这些情形通常包括未依法取得建设工程规划许可、超过规划许可确定的建筑面积或建筑高度、侵占公共设施或公共场所用地等。
强制执行：
- 如果当事人在法定期限内不申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行拆除决定的，主管部门可以自期限届满之日起一定期限内（如十五日内），向本级城市、县人民政府报告，由政府责成有关部门强制拆除。
- 在强制执行前，主管部门通常会制作《履行行政处罚决定催告书》送达当事人，催告其履行义务。如果当事人仍未履行，主管部门才会向人民法院申请强制执行。
三、特殊情形处理
可能对公共利益造成重大损失的违建：
- 对于某些违建，如果拆除可能对无过错利害关系人利益、公共利益造成重大损失，或者可能严重影响相邻建筑安全而不能实施拆除的，主管部门可能会选择没收违法建筑或违法收入，并依法处以罚款。
农村宅基地违建：
- 对于农村宅基地上的违建，县级以上农业农村主管部门会依据土地管理法等相关规定进行查处。处理流程通常包括责令停止违法行为、责令限期拆除等。如果违法行为继续，主管部门有权制止，并在当事人不履行拆除决定时，依法申请人民法院强制执行。
四、配套措施
为了更有效地处理违建问题，各地还可能采取一系列配套措施，如：
- “五不准”措施：对涉及违建的房屋不准登记、不准提供贷款、不准登记发证、不准评优评奖、不准提供公共服务等。
- 部门协作：城乡规划、城管执法、农业农村、自然资源、住建、市场监管等多个部门会加强协作，共同打击违建行为。
- 公众监督：鼓励公众举报违建行为，对举报属实的给予奖励，形成全社会共同参与违建治理的良好氛围。
五、注意事项
- 决定书规范：在作出行政处罚决定时，必须确保《行政处罚决定书》格式规范、违法事实叙述清楚、证据材料充分、处罚内容合法。
- 结案条件：案件结案必须满足一定条件，如行政处罚决定执行完毕、已经依法申请人民法院强制执行等。
- 申请法院强制执行：在申请法院强制执行前，必须履行催告履行等前置程序，并确保申请期限符合法律规定。
综上所述，地籍调查发现违建后，主管部门会依据相关法律法规和政策进行认定和处理。处理流程包括责令停止建设、责令限期改正或拆除、强制执行等步骤。同时，各地还可能采取一系列配套措施来更有效地打击违建行为。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。