员工在上班期间生病，其处理方式主要依据相关法律法规以及公司的具体规章制度来执行。以下是一些详细的处理步骤和建议：
一、判断是否为工伤
一般情况：根据《工伤保险条例》，原则上，只有在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害、意外伤害，以及患上职业疾病，才可能被认定为“工伤”。对于非从事新冠肺炎预防和相关工作的员工，在上班过程中感染新冠病毒，通常不被认定为工伤。
特殊情况：如果是医护及相关工作人员，因为履行预防和救治工作而感染新冠的，应当认定为工伤。
二、工资支付与劳动关系处理
工资支付：
- 如果员工能够居家办公且公司正常运作，员工应按正常出勤处理，公司需全额支付固定工资。
- 如果公司停工停产，员工感染新冠居家的，公司在第一个工资周期内应正常支付工资；从第二个工资周期开始，若员工提供了正常劳动，工资不得低于当地最低工资标准；若未提供正常劳动，公司应发放生活费。
- 员工居家隔离期间，若身体状况不允许工作且未做任何工作，公司需支付工资构成中固定部分的工资（如基本工资加岗位工资）。
- 若员工居家隔离期间依然完成了日常工作，公司除支付固定部分工资外，还需支付非固定部分工资（如绩效、奖金、提成等）。
劳动关系处理：
- 员工感染新冠期间，企业不能解除劳动合同。若劳动合同到期，应顺延至职工医疗期期满、医学观察期期满、隔离期期满或政府采取的紧急措施结束。
三、医疗期与病假处理
医疗期确定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
病假申请与证明：
- 员工因病需要请假时，应尽可能提供医疗机构的病休证明。若实在无法出具核酸、抗原阳性证明或社区相关证明，可与公司协商，以视频等作为辅助证明。
- 员工隔离期结束后仍需停止工作进行治疗的，根据医疗机构的病休证明，公司按医疗期有关规定支付工资。
四、其他注意事项
居家办公与加班：
- 居家办公和在单位办公的实际区别仅在于工作地点变化，其他劳动法相关规定不变。
- 若员工居家办公期间加班，公司应支付加班工资。
假期安排：
- 若员工无医疗机构病休证明且无其他假期可用，可申请事假，但公司无需支付请休事假期间的工资。
综上所述，员工在上班期间生病时，应首先判断是否为工伤，然后根据公司规定和法律法规处理工资支付与劳动关系问题。同时，员工应了解自己的医疗期长度，并在需要时申请病假，提供必要的医疗证明。公司也应遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。