已验收并投入使用的工程，业主仍然有权进行质量鉴定。以下是详细分析：
一. 法律依据
《建设工程质量管理条例》第二十九条：施工单位必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同约定，对建筑材料、建筑构配件、设备和商品混凝土进行检验，检验应当有书面记录和专人签字；未经检验或者检验不合格的，不得使用。这一条例说明了施工单位有责任确保工程质量，而业主作为工程的最终使用者，有权对工程质量进行确认。
《建设工程质量管理条例》第三十一条：施工人员对涉及结构安全的试块、试件以及有关材料，应当在建设单位或者工程监理单位监督下现场取样，并送具有相应资质等级的质量检测单位进行检测。这一规定进一步强调了工程质量检测的重要性，并指出业主或监理单位有权监督取样和检测过程。
《中华人民共和国合同法》第二百七十九条：建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。此条款说明，虽然工程已经验收并投入使用，但如果业主对工程质量有疑虑，仍有权进行进一步的质量鉴定。
二. 分析说明
验收与鉴定的区别：工程验收是工程竣工后的一种初步检查，主要目的是确认工程是否按照设计要求完成，是否满足基本的使用功能。而质量鉴定则是对工程质量的深入检测，通常涉及更专业的技术手段和更严格的评估标准。因此，即使工程已经验收并投入使用，业主仍然有权进行更深入的质量鉴定。
业主的权益：作为工程的业主，有权确保自己购买的工程产品符合约定的质量标准。如果在使用过程中发现工程质量问题，或者对工程质量有疑虑，业主完全有权进行质量鉴定以维护自己的合法权益。
综上所述，已验收并投入使用的工程业主仍然有权进行质量鉴定。这是业主确保工程质量、维护自身权益的正当行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。