结论：针对“车主跑了修理厂告司机怎么办”这一问题，需要分情况讨论。具体来说，修理厂起诉司机的原因和依据不同，司机的应对策略也会有所差异。以下从几个常见角度进行分析：
一、若修理厂起诉司机是基于修理合同关系
法律背景：
- 修理合同是修理厂与车主（或车主授权的人）之间就车辆修理事宜达成的协议。
- 司机通常不是修理合同的直接当事人，除非司机受车主委托与修理厂签订修理合同。
司机应对策略：
- 若司机非合同当事人：司机可以主张自己并非修理合同的当事人，因此不应承担修理费用或其他合同责任。此时，司机应提供证据证明自己与修理合同无关，如车主的委托书、修理合同的签订情况等。
- 若司机是合同当事人（如受车主委托签订合同）：司机可能需要承担合同责任，但可以向车主追偿。司机应收集证据证明自己是受车主委托签订合同，并尝试与车主协商解决费用分担问题。若协商不成，司机可考虑通过法律途径向车主追偿。
二、若修理厂起诉司机是基于侵权责任
法律背景：
- 侵权责任是指因行为人的过错侵害他人民事权益，应当承担的侵权责任。
- 在车辆修理过程中，如果司机因过错导致车辆损坏或修理厂遭受损失，修理厂可能基于侵权责任起诉司机。
司机应对策略：
- 否认过错：司机应首先否认自己存在过错，并提供证据证明自己已尽到合理的注意义务。例如，司机可以提供车辆交接时的状况记录、修理过程中的沟通记录等。
- 主张免责事由：如果司机能证明存在免责事由（如不可抗力、第三人过错等），则不应承担侵权责任。司机应收集相关证据以支持自己的主张。
- 协商赔偿：如果司机确实存在过错，且无法证明免责事由，司机应与修理厂协商赔偿事宜。在协商过程中，司机可以尝试降低赔偿金额或提出分期付款等方案。
三、若修理厂起诉司机是基于不当得利
法律背景：
- 不当得利是指没有合法依据，使他人受到损失而自己获得了利益。
- 在车辆修理过程中，如果司机未经车主同意擅自将车辆开走或接受修理服务，并因此获得了利益（如节省了交通费用），修理厂可能基于不当得利起诉司机。
司机应对策略：
- 返还利益：司机应承认自己获得了不当利益，并主动返还给修理厂或车主。这可以包括返还车辆、支付修理费用等。
- 主张合法依据：如果司机认为自己获得利益有合法依据（如车主授权、紧急情况等），则应提供证据证明自己的主张。
四、综合建议
- 收集证据：无论修理厂基于何种理由起诉司机，司机都应积极收集证据以支持自己的主张。这包括修理合同、车辆交接记录、沟通记录、照片、视频等。
- 咨询专业律师：由于法律问题复杂多变，司机在面对修理厂的起诉时，最好咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据司机的具体情况和证据情况，为司机制定合适的应对策略。
- 保持冷静与理性：在面对法律纠纷时，司机应保持冷静与理性，避免情绪化行为。通过合法途径解决问题是维护自己权益的最佳方式。
最后，如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。作为专注于婚姻家庭、合同纠纷领域的专业律师，我会尽力为你提供帮助。