当工程项目经历两次废标时，处理这一问题需要依据《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例来进行。以下是一个详细且有条理的处理方式：
一、法律依据梳理
首先，我们要明确相关的法律依据，这主要包括：
《中华人民共和国招标投标法》第四十二条：它规定，如果评标委员会认为所有投标都不符合招标文件的要求，可以否决所有投标。对于依法必须进行招标的项目，如果所有投标都被否决，招标人应当重新招标。
《中华人民共和国招标投标法实施条例》的相关条款：
- 第十九条：强调了资格预审的重要性，如果因投标人资格条件不符导致废标，需要重新审视资格预审标准。
- 第二十三条：指出如果招标文件的内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违反公开、公平、公正和诚实信用原则，影响资格预审结果或潜在投标人投标的，招标人应在修改后重新招标。
- 第三十一条：规定了招标人终止招标时的告知义务和费用退还责任。
- 第四十四条：禁止招标人与投标人串通投标，此类违法行为将导致招标无效并承担法律责任。
- 第五十五条：为废标后选择替代方案提供了依据，如排名第一的中标候选人放弃中标或因不可抗力不能履行合同等情形，招标人可以按序确定其他候选人为中标人或重新招标。
二、具体处理方式
基于上述法律依据，当工程项目两次废标时，可以采取以下处理方式：
深入分析废标原因：
- 招标人应详细分析两次废标的具体原因，包括但不限于招标文件设置是否合理、投标人资质是否符合要求、投标文件是否存在问题等。
根据需要修正招标文件：
- 如果发现招标文件存在问题，如条款设置不合理、要求不明确等，应及时进行修正，并重新发布招标文件，以确保招标活动的合法性和有效性。
重新启动招标程序：
- 根据法律规定，招标人在两次废标后有权重新组织招标。此时，应严格按照法定程序进行，包括发布招标公告、编制招标文件、组织开标评标等环节，确保整个招标过程的公开、公平、公正。
履行告知和退费义务：
- 如果招标人决定终止招标，应及时通知所有潜在投标人，并退还已收取的费用及银行同期存款利息，以避免引发不必要的纠纷。
综上所述，当工程项目两次废标时，招标人应依据相关法律法规，深入分析废标原因，根据需要修正招标文件，重新启动招标程序，并履行告知和退费义务。这样不仅能确保招标活动的合法性和有效性，还能维护招标人和投标人的合法权益。