拥有房产证和土地使用证的自建房，在符合相关法律法规和规划要求的前提下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、房产证与土地使用证的法律意义
房产证：是房屋所有权的合法凭证，证明持有人对该房屋拥有合法的所有权。它记录了房屋的基本信息，如房屋坐落、面积、结构等，是房屋产权的重要法律文件。
土地使用证：是土地使用权的合法凭证，证明持有人对该土地拥有合法的使用权益。它明确了土地的用途、使用期限等关键信息，是土地使用的重要法律文件。
二、自建房合法性的判断标准
符合土地用途规划：
- 自建房必须符合土地利用总体规划和城乡规划要求。土地利用总体规划对土地的开发、利用等作出长远安排，而城乡规划则明确了建设活动的布局、规模等。若土地被划定为农用地（如基本农田），则严格限制非农业建设，包括建房。
取得建设审批手续：
- 自建房需取得建设工程规划许可证、施工许可证等必要审批文件。这些手续是确保建房行为符合法律法规和规划要求的重要环节。未办理这些手续擅自建房，可能被视为违法建设。
遵守建筑法规和标准：
- 自建房还需遵守建筑间距、消防要求、环保要求等其他相关规定和标准。这些规定和标准旨在保障房屋的安全性和合规性，确保建房行为不会对公共利益造成损害。
三、拥有两证自建房的合法性分析
两证齐全的意义：
- 拥有房产证和土地使用证，说明自建房在产权和土地使用方面已经得到了法律的认可。这是自建房合法性的重要基础。
仍需满足的条件：
- 尽管拥有两证，但自建房仍需满足上述提到的土地用途规划、建设审批手续以及建筑法规和标准等要求。只有同时满足这些条件，自建房才能被视为完全合法。
四、可能存在的违法情况及后果
违法情况：
- 若自建房未按照土地用途规划进行建设，如擅自改变土地用途或未取得必要审批手续擅自建房，则可能构成违法行为。
法律后果：
- 违法建设的自建房可能面临被责令拆除、罚款等行政处罚。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。此外，违法建设的房屋在产权办理、交易等方面也可能面临诸多限制和困难。
五、建议与指导
咨询相关部门：
- 在进行自建房之前，建议咨询当地规划、建设、土地等部门，了解具体的规划要求和审批流程。这有助于确保建房行为的合法性和合规性。
遵守法律法规：
- 在建房过程中，务必严格遵守相关法律法规和规划要求。不要擅自改变土地用途或未取得必要审批手续擅自建房。
及时办理产权手续：
- 房屋建设完成后，应及时凭土地使用证和建设批准文件办理房产证等产权手续。这有助于确保房屋的合法产权和后续交易的安全性。
综上所述，拥有房产证和土地使用证的自建房在符合相关法律法规和规划要求的前提下是合法的。但为了确保建房行为的合法性和合规性，建议在进行自建房之前咨询相关部门并严格遵守相关法律法规和规划要求。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。