针对您提出的“地下车位计入土地增值税的法律依据”这一问题，以下是我根据相关政策文件进行的详细解答：

首先，我们需要明确土地增值税的基本扣除原则。根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条的规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的公共设施，如停车场（库）等，其成本、费用的扣除需遵循以下原则：

1. 建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；
2. 建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；
3. 建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。

然而，在实际操作中，地下车位的土地增值税处理存在复杂性，主要体现在以下几个方面：

1. 地下空间土地使用权问题：在多数国有建设用地使用权出让中，并未包含地下空间，即未缴纳地下空间土地出让金。因此，对于此类地下车位，其转让可能受到《房地产管理法》相关条款的限制，不适用国税发〔2006〕187号第四条第三款第三项的有偿转让扣除规定。

2. 产权归属问题：若地下车位产权未登记为全体业主共有，则无法依据国税发〔2006〕187号第四条第三款第一项进行成本扣除。此外，部分开发商通过“以租代售”模式销售地下车位，这种模式下车位的产权并未发生转移，因此也不符合土地增值税的扣除条件。

3. 税收监管与合规问题：部分税务机关在土地增值税清算过程中可能允许“以租代售”模式下的车位销售发票开具，但这可能涉及虚开增值税发票的风险，因为地下车位未缴纳地下空间土地出让金，不适用转让规定。

针对上述问题，建议如下：

• 税务机关应联合自然资源部门督促开发企业按照相关规定补缴地下空间土地出让金；
• 地上和地下部分的土地增值税应分开独立核算；
• 强化抵扣的前置条件，对于未包含地下空间使用权的地块，应将地下车位登记为全体业主共有作为土地增值税清算时可以抵扣的硬性条件；
• 严格遵守《房地产管理法》等相关法律法规，不得以“偷换概念”的形式绕开相关规定。

综上所述，地下车位计入土地增值税的法律依据主要依据国税发〔2006〕187号等相关政策文件，但在实际操作中需结合地下空间土地使用权、产权归属以及税收监管等多方面因素进行综合考虑。