针对您提出的“土地性质被国土和农业部门不同认定怎么办”的问题，首先我们需要明确的是，土地性质的认定确实可能因不同部门的职能和依据而有所不同，但这并不意味着存在无法解决的矛盾。以下是我根据您的问题提供的具体分析和建议：
核心结论
当土地性质被国土和农业部门不同认定时，您应首先核实两部门认定的具体依据和差异点，进而通过沟通协商、申请复核或行政诉讼等方式寻求统一认定，并依据最终认定结果处理相关事务。
具体分析
核实认定依据：
- 国土部门通常依据《中华人民共和国土地管理法》等法律法规，对土地的使用性质、权属等进行认定。
- 农业部门则可能依据《中华人民共和国农村土地承包法》、《中华人民共和国农业法》等，对土地的农业用途、承包经营等进行认定。
- 您需要仔细查阅两部门提供的认定文件，了解认定的具体依据和理由。
沟通协商：
- 在发现认定不一致后，您可以主动与国土和农业部门进行沟通，了解两部门认定差异的原因。
- 尝试通过协商，寻求两部门对土地性质的统一认定。这可能需要您提供额外的证明材料或解释说明。
申请复核：
- 如果沟通协商无果，您可以向上一级国土资源管理部门或农业行政主管部门申请复核。
- 复核过程中，您需要提供充分的证据材料，以支持您的主张。
行政诉讼：
- 在复核结果仍无法令您满意的情况下，您可以考虑通过行政诉讼的方式解决争议。
- 提起行政诉讼前，请务必咨询专业律师，了解诉讼程序、风险及可能的结果。
依据最终认定处理：
- 无论通过何种方式获得最终认定，您都应依据该认定结果处理相关事务。
- 如需变更土地使用性质或承包经营等，请务必按照法律法规的要求办理相关手续。
法律建议
- 在处理土地性质认定不一致的问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径寻求解决方案。
- 如有需要，请及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和支持。
作为安启博律师，我专注于合同纠纷、刑事辩护、经济纠纷、婚姻家庭、房产纠纷等领域。如果您在土地性质认定或其他法律问题上遇到困难，欢迎随时向我咨询。