针对“基本农田上建设房屋的处罚机关”这一问题，我可以明确告知您：

基本农田上建设房屋的处罚机关主要为县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等，它们将按照职责责令限期改正或者治理，并可以并处罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

接下来，我为您详细解释这一结论：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条的规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，并可以并处罚款。

2. 处罚内容：

   • 对于上述违法行为，处罚机关将首先责令限期改正或者治理，以恢复土地的原状和种植条件。
   • 同时，根据违法行为的严重程度，处罚机关可以并处罚款，以作为对违法行为的惩戒。
   • 如果违法行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，那么将依法追究刑事责任，由司法机关进行审判和处罚。

3. 实际执行：

   • 在实际执行中，当发现基本农田上建设房屋等违法行为时，相关部门将进行调查取证，并根据违法事实依法作出处罚决定。
   • 如果当事人对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，基本农田上建设房屋的处罚机关主要为县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等。它们将依法对违法行为进行查处，并采取相应的处罚措施以维护土地管理秩序和保护农用地资源。如果您有任何关于土地管理或农用地保护的问题，欢迎随时向我咨询。