在公安机关查获时，只有进货账单而没有货物的情况下，不能仅凭进货账单就直接认定非法经营数额。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律原则与证据要求：

   • 在刑事诉讼或行政执法中，认定非法经营数额需要依据充分、确凿的证据。
   • 证据应当具有合法性、客观性和关联性，且必须经查证属实，才能作为定案的根据。

2. 进货账单的性质与局限性：

   • 进货账单是记录货物购买情况的单据，它本身并不直接等同于非法经营的数额。
   • 账单只能证明有购买货物的行为，但不能直接证明这些货物被用于非法经营或已经实际销售。

3. 需要补充的证据：

   • 要认定非法经营数额，通常需要结合其他证据，如销售记录、交易凭证、账本、银行流水等。
   • 如果没有货物实物，还需要调查货物的去向，是否已经被销售、转移或隐藏。

4. 法律后果与建议：

   • 如果仅依据进货账单而无其他确凿证据，就认定非法经营数额，可能会导致事实认定不清，甚至造成冤假错案。
   • 在处理此类案件时，应坚持证据裁判原则，严格依法收集、审查、运用证据。
   • 对于当事人而言，如果面临此类情况，应积极提供有利证据，证明自己的合法经营行为或货物的合法去向。

综上所述，公安机关在查获时只有进货账单而没有货物的情况下，不能仅凭进货账单就直接认定非法经营数额。而是需要结合其他证据进行综合判断，以确保事实认定的准确性和公正性。如果你对此类法律问题有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。