关于工程招标代理服务费由谁支付的问题，以下是我的详细解答：

结论前置：目前国家层面对招标代理服务费的支付主体未作强制性规定，招标代理服务费应由招标人、招标代理机构与投标人按照约定方式执行。

法律解释与依据：

1. 法规依据：

   • 《工程建设项目施工招标投标办法》第二十三条规定：“工程招标代理机构与招标人应当签订书面委托合同，并按双方约定的标准收取代理费；国家对收费标准有规定的，依照其规定。”
   • 《工程建设项目货物招标投标办法》第五条第四款规定：“招标代理服务费用应当由招标人支付；招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”

2. 律师见解：

   • 原《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）已被废止，当前国家层面并未对招标代理服务费的支付主体作出强制性规定。
   • 招标代理服务费的具体支付方式应由招标人、招标代理机构与投标人之间通过合同约定来明确。
   • 在实践中，招标代理费用通常由招标方或中标人承担，但具体由哪一方支付，以及支付的标准，需要各方依据相关法规与标准进行商议并达成共识。

实际操作建议：

• 在招标文件中明确招标代理服务费的支付主体和支付标准，以避免后续产生纠纷。
• 招标人、招标代理机构与投标人之间应签订书面合同，明确各自的权利和义务，包括招标代理服务费的支付方式和标准。
• 如因招标代理服务费的支付问题产生纠纷，各方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以依法向有关部门申请调解或提起诉讼。

综上所述，工程招标代理服务费的支付主体并未由国家层面作出强制性规定，而是应由招标人、招标代理机构与投标人之间通过合同约定来明确。在实际操作中，建议各方在招标文件中明确相关条款，以避免后续产生不必要的纠纷。