集体企业由法院拍卖房产在一定条件下是合法的。以下是详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《民事诉讼法》第二百五十四条，财产被查封、扣押后，若被执行人逾期不履行法律文书确定的义务，人民法院有权拍卖被查封、扣押的财产。这一条款为法院拍卖房产提供了法律依据。

2. 集体企业房产的特殊性：

   • 集体企业的房产通常属于集体所有，而非个人所有。因此，在拍卖集体企业房产时，需要考虑到集体所有权的特殊性。
   • 若集体企业房产作为债务人的唯一财产或主要财产，且申请执行人同意接受该房产以抵偿债务，法院在审慎考虑后可能会决定拍卖。

3. 拍卖的合法条件：

   • 法院在拍卖集体企业房产时，必须确保拍卖过程合法、公正，并遵循相关法律法规。
   • 拍卖前，法院应对房产进行充分的评估，确定其价值，并公告拍卖信息，确保潜在买受人能够充分了解房产情况。
   • 拍卖过程中，应遵循公开、公平、公正的原则，确保所有竞买人都有平等的机会参与竞拍。

4. 限制与注意事项：

   • 若拍卖集体企业房产可能导致农村集体经济组织成员失去基本居住保障，或者拍卖后的用途不符合土地利用总体规划和政策要求，法院应谨慎对待，甚至可能拒绝批准拍卖。
   • 对于未经正规产权登记或流转过程存在法律瑕疵的集体企业房产，法院也应避免轻易进行拍卖，以防止引发更多法律纠纷和权益冲突。

综上所述，集体企业由法院拍卖房产在一定条件下是合法的，但具体是否合法还需根据房产的实际情况、债务人的还款能力、申请执行人的意愿以及相关法律法规进行综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。