针对您提出的“法院调解3年分期还清债务，但6年了还有些没还清，可以继续申请强制执行吗”这一问题，以下是我的详细解答：

1. 强制执行申请的时效：

   • 根据法律规定，民事调解书申请强制执行的期限是二年，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。若调解书规定分期履行，则从最后一期履行期限届满之日起计算。
   • 在您的情况下，调解书规定的3年分期还清债务期限早已届满（6年已过），且未提及存在申请执行时效中断或中止的情形。因此，从时效角度来看，您现在申请强制执行很可能已经超过了法定的二年期限，法院大概率不会受理。

2. 债权人的实体权利：

   • 尽管超过了申请强制执行的时效，但您的实体权利（即要求债务人偿还债务的权利）并未消失。债务人仍有义务偿还剩余债务，只是您无法再通过法院强制执行的方式来追讨。

3. 后续处理建议：

   • 沟通协商：您可以尝试与债务人进行沟通，看是否能通过协商的方式解决剩余债务问题。如果债务人自愿履行，那么这也是一种可行的解决方案。
   • 法律途径：虽然超过了申请强制执行的时效，但您仍可以考虑通过其他法律途径来追讨债务，如提起诉讼要求确认债务并寻求新的法律救济（但需注意诉讼时效问题，且此途径可能较为复杂且成本较高）。不过，在您已有调解书且未超诉讼时效（针对调解书本身效力而言，非执行时效）的情况下，直接提起诉讼可能不是最佳选择，因为调解书已具有法律效力。
   • 记录与证据保留：确保您保留了所有与债务相关的记录和证据，以备不时之需。

4. 特殊情况处理：

   • 如果债务人在此期间有转移财产等逃避债务的行为，您可能可以寻求法律途径来撤销这些行为并追回财产。但这需要具体的法律分析和证据支持。

综上所述，从时效角度来看，您现在申请强制执行可能已经超过了法定的期限。但您的实体权利并未消失，您可以尝试与债务人进行沟通协商来解决剩余债务问题。如有需要，您可以进一步向我咨询具体的法律策略和操作方法。