当您在银行有抵押的房产证和借款合同不慎丢失时，不必过于慌张，但应迅速采取行动以确保自身权益不受损害。以下是一套详细且有条理的处理流程：
一、立即通知银行并确认情况
第一时间联系银行：
- 告知银行您的房产证和借款合同遗失的情况。
- 询问银行是否有合同存档，并请求提供复印件（加盖银行公章），该复印件通常具有与原件同等的法律效力。
更新银行抵押档案信息：
- 确保银行及时更新您的抵押档案信息，避免后续可能出现的风险或误解。
二、前往不动产登记中心（房管局）挂失并补办房产证
挂失房产证：
- 准备材料：携带产权人的身份证明（如身份证原件及复印件）前往当地的不动产登记中心。
- 填写申请表：领取并填写《房产证遗失声明申请表》，详细填写房屋信息。
- 登报声明（如需）：根据地区要求，在指定报纸上刊登房产证遗失声明，以公示社会公众。
补办房产证：
- 提交申请材料：包括不动产登记申请书、申请人身份证明、刊登遗失声明的报纸原件（如有）、银行的相关证明文件等。
- 审核与核实：不动产登记中心将对提交的材料进行审核，并核实房屋的产权情况。
- 缴纳费用：根据当地规定支付补办费用，包括登记费、工本费等。
- 领取新证：审核通过并缴费后，领取新的房产证。
三、申请补办借款合同（如银行无法提供复印件）
准备相关材料：
- 本人身份证、贷款证明等。
- 具体要求可事先向银行或相关部门了解清楚。
申请补办：
- 向银行提出补办借款合同的申请。
- 根据银行要求，填写相关申请表格并提交所需材料。
四、与银行沟通并更新抵押信息
保持密切沟通：
- 在补办房产证和借款合同的过程中，保持与银行的密切沟通。
- 确保银行了解整个补办进度，并及时提供所需材料。
更新抵押信息：
- 补办完成后，将新的房产证和借款合同复印件交给银行。
- 银行可能会要求提供补办房产证和借款合同的相关材料复印件，以更新其抵押档案信息。
- 根据需要，重新签订抵押协议或办理抵押登记的变更手续。
五、注意事项与建议
密切关注政策变化：
- 整个补办过程可能因地区政策和具体情况而有所不同，建议密切关注当地不动产登记中心和银行的通知和要求。
妥善保管重要证件：
- 平时应妥善保管房产证、借款合同等重要证件，避免遗失带来的不便和风险。
- 可以考虑将重要证件的复印件或电子版保存在安全的地方，以备不时之需。
保留好各项凭证：
- 在处理过程中，注意保存好各项凭证，如挂失申请表、登报声明、补办费用收据等。
- 这些凭证可能在后续的法律纠纷或其他需求中使用。
综上所述，当您在银行有抵押的房产证和借款合同丢失时，只要按照上述步骤及时处理，就能有效保障自身的合法权益。在整个过程中，保持与银行和不动产登记中心的良好沟通是至关重要的。