刑事案件生效后，案件卷宗中的会计凭证会作为档案归档，刑诉法及相关规定对此有明确要求。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律对档案归档的明确要求
《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释：
- 虽然《中华人民共和国刑事诉讼法》本身并未直接规定会计凭证必须作为档案归档，但根据刑事诉讼程序的要求，案件卷宗是记录案件全过程、保障当事人权益、确保司法公正的重要载体。会计凭证作为案件中的重要证据材料，其真实性、合法性和关联性对于案件的定性和量刑具有重要影响。
- 最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部等联合发布的《关于刑事诉讼中涉案财物处理若干问题的意见》等司法解释中，也间接体现了对案件相关证据材料（包括会计凭证）的妥善保管和归档要求。
档案管理法规：
- 根据《中华人民共和国档案法》及相关档案管理规定，机关、团体、企业事业单位和其他组织应当按照国家有关规定，定期向档案馆移交档案。刑事案件卷宗作为重要的司法档案，自然也在移交范围之内。
- 会计凭证作为案件卷宗的一部分，其归档和管理需遵循档案法的相关规定，确保档案的完整、安全和可利用性。
二、会计凭证在案件卷宗中的重要性
证据价值：
- 会计凭证是记录经济活动、反映财务状况的重要凭证。在刑事案件中，会计凭证往往能够证明犯罪嫌疑人的经济往来、资金流向等关键事实，对于案件的定性和量刑具有重要证据价值。
司法公正保障：
- 妥善保管和归档会计凭证，有助于确保司法程序的公正性和透明度。在案件审理过程中，会计凭证可以作为重要证据被法庭采纳，为法官提供客观、准确的判断依据。
三、实际操作中的归档流程
卷宗整理：
- 在刑事案件生效后，办案机关会对案件卷宗进行整理，将包括会计凭证在内的所有证据材料进行分类、编号和装订。
归档移交：
- 整理好的卷宗会按照规定移交至档案馆或相关档案管理部门进行保管。在移交过程中，会确保卷宗的完整性和安全性。
长期保存：
- 归档后的卷宗会按照档案法的规定进行长期保存，以备后续查阅和利用。
四、特殊情况下的处理
涉密案件：
- 对于涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私的刑事案件，会计凭证的归档和管理需遵循更加严格的保密规定。
电子数据：
- 随着信息化的发展，电子会计凭证在刑事案件中的应用越来越广泛。对于电子会计凭证的归档和管理，需遵循电子数据管理的相关规定，确保其真实性、完整性和可读性。
建议：在实际操作中，办案机关应严格按照法律和档案管理规定的要求，对刑事案件卷宗中的会计凭证进行妥善保管和归档。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。