针对您提出的“乙方公司员工举报甲方后，甲方应如何处理”的问题，这实际上涉及到了员工举报单位违法行为后的单位应对措施，以及相关的法律法规。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，员工有权举报单位的违法行为，这是员工的合法权益，也是维护社会公正和法治的重要手段。单位在面对员工的举报时，应当采取积极、正面的态度，配合相关部门的调查，而不是采取报复性的措施。

一、单位不得因举报而开除员工

根据《劳动合同法》的相关规定，单位不得因员工举报单位违法行为而开除员工。法律上所说的“损失”是指合法利益的减少，而单位因违法行为被处罚并不属于合法利益的减少，因此不构成单位开除员工的合法理由。如果单位因此开除员工，属于违法解除劳动合同，员工有权要求单位按照《劳动合同法》的规定支付赔偿金。

二、单位应如何处理员工举报

1. 积极配合调查：单位在接到员工举报后，应首先积极配合相关部门的调查，提供必要的资料和证据，以便相关部门能够尽快查明事实真相。

2. 内部整改：如果举报内容属实，单位应立即进行内部整改，纠正违法行为，防止类似问题再次发生。这不仅是单位应尽的法律义务，也是维护单位声誉和员工权益的重要举措。

3. 保护举报人权益：单位应确保举报人的个人信息和举报内容不被泄露，保护举报人免受打击报复。同时，单位也应向举报人说明处理进展和结果，以体现对举报人的尊重和重视。

三、相关法律法规依据

• 《劳动合同法》第三十九条规定了单位可以解除劳动合同的情形，但举报单位违法行为并不在其中。
• 《涉外劳务纠纷投诉举报处置办法》等相关规定也强调了保护劳务人员合法权益的重要性，对单位违法行为进行了明确规范。

四、建议

• 如果您作为乙方公司员工遇到了类似情况，建议首先保留好相关证据，如举报材料、单位开除通知等。
• 然后，您可以向当地劳动监察大队或相关部门投诉举报单位的违法行为，并要求单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。
• 同时，您也可以咨询专业律师，以获取更详细的法律建议和帮助。

综上所述，单位在面对员工举报时，应采取积极、正面的态度，配合调查，内部整改，并保护举报人权益。任何报复性的措施都是违法的，员工有权维护自己的合法权益。