针对科级干部违规聘干问题，处理方式需结合违规性质、情节严重程度及具体法律规定，分以下情形处理：

1. 违规性质认定与责任划分
   若科级干部在聘干过程中存在“超越权限审批”“篡改聘任条件”“伪造聘任文件”等行为，可能涉及滥用职权或玩忽职守。根据《公务员法》第59条，公务员不得违反规定从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务；若聘干行为违反该规定，需承担行政责任，轻则警告、记过，重则降级、撤职。
   若违规聘干导致国家利益受损（如违规聘任人员不具备资质导致项目失败），还可能涉及渎职犯罪，需依据《刑法》第397条（滥用职权罪、玩忽职守罪）追究刑事责任，量刑幅度为三年以下有期徒刑或拘役，情节特别严重的处三年以上七年以下有期徒刑。

2. 处理程序与依据

   • 内部调查：由干部所在单位或上级纪检监察部门启动调查，核实聘任程序是否合规（如是否公开招聘、是否经过集体决策、是否公示等）。
     
   • 证据固定：收集聘任文件、审批记录、会议纪要、证人证言等证据，证明违规事实。
     
   • 责任认定：根据《中国共产党纪律处分条例》第122条（对违反组织纪律行为的处分规定），若违规聘干涉及“违反干部选拔任用规定”，对直接责任者和领导责任者给予警告、严重警告或撤销党内职务处分；情节严重的，给予留党察看或开除党籍处分。
     
   • 处理决定：根据调查结果，由有权机关（如单位党委、纪委或组织部）作出处分决定，可能包括警告、记过、降级、撤职、开除等行政处分，或移送司法机关处理。

3. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若违规聘干发生在《公务员法》修订前（如2006年前），需结合当时有效的《国家公务员暂行条例》处理，但若现行法律对行为性质认定更严格（如从违规变为犯罪），可能适用“从旧兼从轻”原则。
     
   • 主动纠正与从轻情节：若科级干部在调查期间主动承认错误、退还违规所得或纠正聘任结果，可依据《行政机关公务员处分条例》第14条从轻或减轻处分。

建议：若涉及具体案件，需进一步核实聘任程序细节（如是否经过编办审批、是否占用编制）、违规行为与损害结果的因果关系等关键事实，以精准定性责任。如有疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。