关于您提出的“虚开增值税专用发票立案标准10万元，为什么5万以下免于起诉”的问题，这实际上涉及到了虚开增值税专用发票罪的立案标准以及司法实践中的具体处理原则。以下我将为您详细解释这一看似矛盾实则合理的法律现象。
首先，我们需要明确虚开增值税专用发票罪的立案标准。根据最高人民检察院、公安部联合发布的《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的最新修订，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，立案追诉的标准主要包括两个方面：
虚开税款数额标准：一般情况下，如果虚开的税款数额在十万元以上，即达到立案追诉的标准。这是为了打击那些虚开税款数额较大的违法行为，保护国家税收安全。
造成国家税款损失数额标准：另外，如果虚开行为造成国家税款损失数额在五万元以上，同样应予立案追诉。这一标准强调了虚开行为对国家税收的实际损害，即使虚开的税款数额未达到十万元，但只要造成了国家税款损失，就可能面临法律追究。
接下来，我们解释为什么5万以下可能免于起诉。这并不意味着所有虚开税款数额或造成税款损失数额在5万以下的行为都绝对免于起诉，而是需要根据具体情况进行判断。在司法实践中，对于虚开税款数额或造成税款损失数额较小，且情节显著轻微、危害不大的行为，检察机关可能会根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，作出不起诉的决定。这主要是基于以下几个方面的考虑：
罪刑相适应原则：法律要求刑罚的轻重应当与犯罪分子所犯罪行和承担的刑事责任相适应。对于虚开税款数额或造成税款损失数额较小，且情节轻微的行为，如果给予过重的刑罚，可能不符合罪刑相适应的原则。
司法资源的合理配置：司法资源是有限的，需要合理配置以打击更严重的犯罪行为。对于虚开税款数额或造成税款损失数额较小，且情节轻微的行为，如果都进行立案追诉和审判，可能会浪费大量的司法资源。
社会效果和法律效果的统一：在处理虚开增值税专用发票等违法行为时，需要兼顾社会效果和法律效果。对于情节轻微的行为，通过不起诉等方式进行处理，既可以体现法律的宽容和人性化，也可以达到教育、挽救犯罪嫌疑人的目的。
综上所述，虚开增值税专用发票罪的立案标准是一个综合考量多方面因素的结果，包括虚开的税款数额、是否造成国家税款损失以及是否具有其他严重情节。在实际应用中，应根据具体情况进行判断，并确保法律的准确适用和公正执行。对于虚开税款数额或造成税款损失数额较小，且情节轻微的行为，检察机关可能会根据法律规定和司法实践作出不起诉的决定。