结论：关于营业执照未经本人同意被用于付款能否退款的问题，这并非一个简单的“能”或“不能”的回答，而是需要根据具体情况、相关法律法规以及合同条款来综合判断。以下是从不同角度进行的分析。
一、法律角度
无权代理与表见代理：
- 如果他人未经您的同意，擅自使用您的营业执照进行付款，这可能构成无权代理。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无权代理行为未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。因此，如果您未追认该付款行为，理论上您有权要求退款。
- 但若存在表见代理的情形，即相对人有理由相信行为人有代理权（如您之前曾允许他人使用您的营业执照，或存在其他使相对人相信行为人有代理权的情形），则该代理行为可能对您产生法律效力，此时退款可能较为困难。
合同效力：
- 如果付款行为是基于一份合同，而您并未在该合同上签字或以其他方式表示同意，那么该合同对您可能不具有约束力。根据《民法典》的规定，合同应当是双方真实意思的表示，未经您同意的合同条款，您有权不履行，并可能要求退款。
二、实际操作角度
与收款方协商：
- 在发现营业执照被未经同意用于付款后，首先应尝试与收款方进行协商，说明情况并要求退款。如果收款方同意退款，那么问题将得到迅速解决。
法律途径：
- 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼，要求确认付款行为无效并返还已付款项。在此过程中，您需要提供充分的证据来证明您并未同意该付款行为。
三、预防措施与建议
加强营业执照管理：
- 为了避免类似情况的发生，建议您加强对营业执照的管理，确保不被他人未经同意使用。这包括妥善保管营业执照原件、不随意将营业执照信息透露给他人等。
及时关注账户动态：
- 定期查看与营业执照相关的账户动态，如银行账户、税务账户等，以便及时发现并处理异常情况。
咨询专业律师：
- 如果您对法律问题不太熟悉，或者担心自己的权益受到侵害，建议及时咨询专业律师。作为专业律师，我可以为您提供详细的法律建议和帮助，确保您的权益得到最大程度的保护。
总结与建议：营业执照未经本人同意被用于付款能否退款，取决于多种因素，包括是否存在无权代理或表见代理的情形、合同是否有效以及实际操作中的协商和法律途径等。因此，我建议您在发现此类情况后，首先尝试与收款方协商解决；如果协商无果，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。同时，为了加强预防，您还应加强对营业执照的管理，并定期关注相关账户的动态。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。