结论：在您妈妈去世、爸爸在世，且他们的房产有婚内财产协议归您爸爸所有的情况下，该房产的归属主要取决于婚内财产协议的具体内容以及是否符合法律规定。若协议合法有效且明确房产归您爸爸，则房产通常归您爸爸所有；但若存在特殊情况，如涉及遗产继承等，则可能需进一步分析。

详细分析：

1. 婚内财产协议的法律效力：

   • 婚内财产协议是夫妻双方在婚姻关系存续期间，就财产的归属、管理、使用、收益、处分以及债务的清偿、婚姻关系终止时的财产分割等事项达成的书面协议。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有法律约束力。
   • 因此，如果婚内财产协议明确房产归您爸爸所有，且该协议符合法律规定（如双方自愿、内容合法、未损害第三人利益等），则该协议具有法律效力，房产通常归您爸爸所有。

2. 特殊情况下的房产归属：

   • 遗产继承：虽然婚内财产协议可能规定了房产的归属，但如果妈妈去世时未留下遗嘱或遗赠扶养协议，且房产中包含妈妈的份额（如房产为夫妻共同财产，妈妈去世后其份额应作为遗产处理），则可能涉及遗产继承问题。此时，房产的归属可能需根据遗产继承的相关规定进行确定。
   • 协议无效或可撤销：如果婚内财产协议存在法定无效情形（如一方以欺诈、胁迫的手段订立协议，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益等）或可撤销情形（如因重大误解订立的协议；在订立协议时显失公平的等），则该协议可能被认定无效或被撤销，此时房产的归属需根据法律规定重新确定。

3. 建议与操作：

   • 审查协议：首先，应仔细审查婚内财产协议的具体内容，确认其是否明确房产归您爸爸所有，以及是否符合法律规定。
   • 咨询专业律师：如果协议内容存在疑问或涉及复杂法律问题，建议咨询专业律师进行法律分析和建议。
   • 办理相关手续：如果协议合法有效且明确房产归您爸爸所有，且不涉及其他特殊情况（如遗产继承等），则您爸爸可以依据协议办理房产过户等相关手续。

后续行动建议：

• 如果您对婚内财产协议的法律效力或房产归属存在疑问，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供法律分析和建议。
• 如果涉及遗产继承等复杂问题，建议及时咨询专业律师并办理相关法律手续，以确保您的合法权益得到保障。