针对您提出的“签了运输合同，甲方公司拖欠运费怎么办”这一问题，核心前提是双方已签订运输合同，但甲方公司未按约定支付运费。以下是具体分析和建议：

1. 核查合同条款
   首先，您需要仔细审查运输合同中关于运费支付时间、方式及违约责任的条款。若合同明确约定了运费支付期限（如“货到付款”“验收后7日内支付”等），而甲方未在约定期限内支付，则构成违约。此时，您有权依据合同要求甲方支付运费及可能的违约金。

2. 发送催款函
   若甲方未按时支付运费，您可先通过书面形式（如律师函或正式催款函）向甲方发出催款通知，明确要求其在合理期限内支付运费，并保留发送记录（如邮寄凭证、电子邮件等）。催款函需注明合同编号、运费金额、逾期利息（如有约定）及法律后果，以增强法律效力。

3. 协商解决
   在发送催款函后，可尝试与甲方协商解决。协商时，可提出分期支付、延长支付期限等灵活方案，以促成双方达成和解。若协商成功，建议签订书面和解协议，明确支付计划及违约责任，避免后续纠纷。

4. 提起诉讼或仲裁
   若协商无果，您可根据合同约定选择向法院提起诉讼或申请仲裁。

   • 诉讼：需准备起诉状、证据材料（如运输合同、送货单、催款记录等），向甲方所在地或合同履行地法院起诉。法院将依法判决甲方支付运费及逾期利息（如有约定）。
     
   • 仲裁：若合同中约定了仲裁条款，则需向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活，但裁决具有终局性，双方需遵守。

5. 申请财产保全
   为防止甲方转移财产，您可在起诉或仲裁前向法院申请财产保全，冻结甲方的银行账户、房产等财产，确保判决或裁决能够执行。申请财产保全需提供担保，并提交相关证据证明甲方存在转移财产的风险。

6. 执行判决或裁决
   若获得胜诉判决或仲裁裁决，而甲方仍不履行支付义务，您可向法院申请强制执行。法院将依法查封、扣押、拍卖甲方的财产，以清偿运费及逾期利息。

温馨提示：在处理此类纠纷时，建议您保留所有与运输合同相关的证据材料（如合同、送货单、催款记录等），并咨询专业律师以制定最佳维权策略。若您有任何疑问或需要进一步帮助，请随时向我咨询。