租金和物资赔偿款请求权在物资租赁合同中一般应当分别适用各自的诉讼时效。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本概念
诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。
二、租金请求权的诉讼时效
对于租金请求权，其诉讼时效通常从租金支付期限届满之日起计算。如果租赁合同中明确约定了租金的支付期限，那么从该期限届满之日起，出租人就有权要求承租人支付租金，并开始计算诉讼时效。如果租赁合同没有约定支付期限，那么根据相关法律规定，诉讼时效期间从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，或者从债务人明确表示不履行义务之日起计算。
三、物资赔偿款请求权的诉讼时效
物资赔偿款请求权则通常与物资的损坏或灭失有关。当物资因承租人的原因而损坏或灭失时，出租人有权要求承租人进行赔偿。此时，诉讼时效的起算点通常是出租人知道或应当知道物资损坏或灭失的事实之日起。如果出租人在较长时间内都未发现物资的损坏或灭失，那么诉讼时效可能会从其实际发现或应当发现之日起计算，但最长不会超过法律规定的最长诉讼时效期间。
四、为何应分别适用诉讼时效
权利性质不同：租金请求权是基于租赁合同产生的债权请求权，而物资赔偿款请求权则是基于侵权或违约产生的损害赔偿请求权。两者在法律性质上有所不同，因此应分别适用各自的诉讼时效。
起算点不同：如前所述，租金请求权的诉讼时效通常从租金支付期限届满之日起计算，而物资赔偿款请求权的诉讼时效则从出租人知道或应当知道物资损坏或灭失的事实之日起计算。两者起算点不同，因此应分别计算。
保护权益的侧重点不同：分别适用诉讼时效可以更好地保护出租人的合法权益。如果租金和物资赔偿款请求权适用同一个诉讼时效，可能会导致出租人在某些情况下因时效届满而无法主张权利，从而损害其利益。
五、实际操作中的建议
在实际操作中，出租人应密切关注租金支付情况和物资的使用状况。一旦发现承租人未按时支付租金或物资出现损坏、灭失的情况，应及时采取措施并保留相关证据。同时，出租人也应了解并掌握相关法律规定和诉讼时效的计算方法，以便在必要时能够及时主张自己的权利。
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