结论前置：
- 若承包人与发包方之间存在明确的劳动关系或事实劳动关系，且工伤被认定为与工作相关，则承包人通常有权要求追偿。
- 若承包人与发包方之间不存在劳动关系，而是基于承包合同关系进行工作，此时能否追偿需视具体情况及合同约定而定。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，工伤追偿的问题通常与劳动关系紧密相关。在劳动关系中，雇主有义务为员工提供安全的工作环境，并在员工发生工伤时承担相应的赔偿责任。这是基于《工伤保险条例》等相关法律法规的规定。
存在劳动关系的情况：
- 如果承包人与发包方之间存在明确的劳动关系，或者虽然未签订书面劳动合同但存在事实劳动关系，且工伤被认定为与工作相关，那么承包人就有权要求发包方按照工伤保险的相关规定进行赔偿。
- 在这种情况下，如果发包方扣除了承包人的工程款作为对工伤的“惩罚”或“补偿”，这是不合法的。承包人可以通过法律途径，如劳动仲裁或诉讼，来要求发包方支付被扣除的工程款，并可能获得额外的工伤赔偿。
不存在劳动关系的情况：
- 如果承包人与发包方之间不存在劳动关系，而是基于承包合同关系进行工作，那么情况就相对复杂一些。
- 在这种情况下，能否追偿主要取决于承包合同的约定以及相关法律法规的规定。如果承包合同中明确规定了工伤赔偿的责任和方式，那么双方应按照合同约定执行。
- 如果承包合同中没有明确规定，或者规定不明确，那么就需要根据相关法律法规来推断。一般来说，如果工伤是由于发包方提供的设备、材料或工作条件存在缺陷导致的，那么发包方可能需承担一定的赔偿责任。但如果工伤是由于承包人自身的原因（如操作不当、忽视安全等）导致的，那么发包方可能不承担赔偿责任。
法律建议：
- 对于承包人来说，如果发生工伤且工程款被扣，首先应确认自己与发包方之间是否存在劳动关系。如果存在，应尽快向劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，要求发包方支付被扣除的工程款和工伤赔偿。
- 如果不存在劳动关系，那么应仔细审查承包合同，看其中是否有关于工伤赔偿的约定。如果有，应按照合同约定执行；如果没有，那么可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。
可能后果：
- 如果承包人能够成功证明工伤与发包方有关，并且符合工伤保险的赔偿条件，那么发包方可能需要支付被扣除的工程款以及额外的工伤赔偿。
- 如果承包人无法证明工伤与发包方有关，或者不符合工伤保险的赔偿条件，那么可能无法获得工伤赔偿，甚至可能面临被扣除工程款的风险。
总结与引导：
工伤追偿的问题涉及多个方面，包括劳动关系的确认、工伤的认定、赔偿责任的划分等。如果你作为承包人遇到了这样的问题，建议尽快咨询专业律师（即我，邓青青律师），以便更好地维护自己的合法权益。同时，也建议你在未来的工作中更加注意安全，避免发生类似的工伤事故。