结论：合伙做工程后，一方主张款项性质为借款是否合法，需根据双方真实意思表示、款项用途及实际履行情况综合判断。若双方无明确借款合意，或款项实际用于合伙事务，则主张借款可能不成立；反之，若存在明确借款约定且未用于合伙事务，则可能被认定为借款。以下从不同角度展开分析：

一、法律关系认定：合伙与借款的核心区别

1. 合伙关系
   根据《民法典》第九百六十七条，合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。其核心特征包括：
   
   • 共同出资：合伙人需按约定提供资金、实物或技术等；
     
   • 共同经营：合伙人共同参与事务决策或执行；
     
   • 共享收益、共担风险：利润分配与亏损承担按约定或出资比例进行。
     

若款项用于合伙工程：若双方约定款项作为合伙出资，且实际用于工程支出（如材料采购、人工费用等），则款项性质应为合伙投资款，而非借款。此时，主张借款的一方需证明双方存在“借款合意”（如书面借款协议、明确还款期限及利息等），否则难以被认定为借款。

1. 借款关系
   根据《民法典》第六百六十七条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。其核心特征包括：
   
   • 存在借贷合意：双方需明确约定借款金额、期限、利息等；
     
   • 款项交付：贷款人需实际向借款人交付资金；
     
   • 到期返还：借款人需按约定返还本金及利息。
     

若款项性质为借款：若双方在合作初期或过程中明确约定款项为借款（如签订借款协议、出具借条等），且款项未用于合伙事务（如一方私自挪用），则可能被认定为借款关系。此时，出借方有权要求返还本金及利息（若约定）。

二、实务中的常见情形及法律后果

1. 情形一：双方无明确借款合意，款项用于合伙事务

   • 法律后果：款项性质为合伙投资款，主张借款的一方需承担举证不能的后果（即无法证明借款合意）。若合伙亏损，该方需按约定或出资比例承担亏损；若盈利，则按约定分配利润。
     
   • 案例参考：某工程合伙纠纷中，一方主张向另一方转账的50万元为借款，但无法提供借条或借款协议，且该款项实际用于工程材料采购。法院最终认定款项为合伙出资，驳回借款主张。

2. 情形二：双方存在明确借款合意，款项未用于合伙事务

   • 法律后果：款项性质为借款，出借方有权要求借款人返还本金及利息（若约定）。若借款人将款项挪作他用导致合伙事务受损，可能需对其他合伙人承担赔偿责任。
     
   • 案例参考：某合伙工程中，一方以借款名义向另一方收取30万元，但未用于工程支出，而是用于个人消费。法院认定借款关系成立，判决借款人返还本金及利息。

3. 情形三：双方对款项性质存在争议，且证据不足

   • 法律后果：法院可能根据“谁主张，谁举证”原则，要求主张借款的一方提供证据证明借款合意。若证据不足，可能认定为合伙出资款或按公平原则处理。
     
   • 建议：在合作初期或过程中，务必通过书面协议明确款项性质（如签订《合伙协议》或《借款协议》），并保留转账记录、沟通记录等证据，以避免纠纷。

三、法律建议

1. 若您主张款项为借款：

   • 收集证据证明双方存在借款合意（如借条、借款协议、聊天记录等）；
     
   • 证明款项未用于合伙事务（如转账记录、工程支出明细等）；
     
   • 若可能，要求对方出具还款计划或承诺书。

2. 若您主张款项为合伙出资：

   • 收集证据证明款项实际用于合伙事务（如采购合同、付款凭证等）；
     
   • 证明双方存在合伙合意（如《合伙协议》、合作聊天记录等）；
     
   • 若合伙亏损，准备亏损分担的证据（如出资比例、约定等）。

3. 预防纠纷的建议：

   • 在合作初期签订书面《合伙协议》，明确出资方式、利润分配、亏损承担等条款；
     
   • 若涉及借款，务必签订《借款协议》，明确借款金额、期限、利息及还款方式；
     
   • 保留所有转账记录、沟通记录等证据，以备不时之需。

总结：合伙做工程后，款项性质需根据双方真实意思表示、款项用途及实际履行情况综合判断。若您遇到此类纠纷，建议携带相关证据材料向我咨询，我将根据具体情况为您提供专业法律意见。