结论：保险公司将甲状腺癌除外是否合法需分情况讨论，关键在于保单复效时的健康告知义务履行情况及保险合同条款约定。以下从不同角度展开分析：

1. 若复效时未如实告知甲状腺癌病史，保险公司有权除外或拒保

根据《保险法》第十六条，投保人或被保险人在保险合同复效时需履行如实告知义务，尤其是涉及既往病史、健康状况等影响承保决定的关键信息。若您在复效申请时未主动告知甲状腺癌病史，保险公司通过调查发现后，有权依据合同条款：

• 解除合同：若合同明确约定“未如实告知重大疾病史可解除合同”，保险公司可单方解约；
• 除外责任：若合同允许对特定疾病除外，保险公司可对甲状腺癌及其复发、转移等并发症免责。

法律依据：
《保险法》第十六条第二款：“投保人故意或者因重大过失未履行前款规定的如实告知义务，足以影响保险人决定是否同意承保或者提高保险费率的，保险人有权解除合同。”

2. 若复效时已如实告知，保险公司仍除外则可能违法

若您在复效申请时已明确告知甲状腺癌病史及治疗情况，保险公司需根据《保险法》第十五条及合同约定处理：

• 正常承保：若保险公司评估后认为风险可控（如术后恢复良好、无复发迹象），应按标准费率承保；
• 加费承保：若风险较高，可要求增加保费但不得直接除外；
• 除外责任：仅当合同明确约定“既往症除外”且该条款合法有效时，保险公司可对甲状腺癌除外。但若合同未明确约定或除外条款显失公平（如未对“既往症”定义），可能被认定为无效。

法律依据：
《保险法》第十五条：“除本法另有规定或者保险合同另有约定外，保险合同成立后，投保人可以解除合同，保险人不得解除合同。”
《民法典》第四百九十七条：“提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利的，该格式条款无效。”

3. 关键点：合同条款的合法性与合理性

保险公司能否除外甲状腺癌，还需审查合同条款是否符合以下要求：

• 明确性：条款需清晰约定“既往症”的定义及除外范围（如“既往症指本合同生效前已患的疾病”）；
• 合理性：除外范围需与疾病风险直接相关，不得扩大化（如将术后无复发的甲状腺癌与高风险疾病等同处理）；
• 告知义务履行：保险公司需在投保时或复效时明确提示并说明除外条款，否则可能因未尽说明义务而无效。

行动建议

1. 核查合同条款：仔细阅读保险合同中关于“复效”“健康告知”“既往症除外”的条款；
2. 收集证据：保留复效申请时的健康告知材料、体检报告、术后治疗记录等；
3. 协商或投诉：若认为保险公司处理不当，可先协商要求重新核保；协商无果可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。

如有进一步疑问或需具体分析合同条款，可直接向我咨询。