稽查扣员工工资是否合法，需分情况讨论：

1. 稽查主体与权限：

   • 若稽查主体为劳动行政部门或具有法定权限的政府部门，且其稽查行为是基于合法程序（如接到举报、进行例行检查等），并发现用人单位存在违反劳动法律法规的行为（如未按时足额支付工资），则其有权要求用人单位改正，并在一定条件下（如用人单位拒不改正）采取进一步措施，包括但不限于罚款、责令支付工资等。但直接扣员工工资并非其法定权限，除非是在特定法律程序下（如法院执行程序），且需遵循严格法律程序。
   • 若稽查主体非法定部门或无合法权限，其扣员工工资的行为则明显违法，员工有权拒绝并寻求法律救济。

2. 扣工资的合法情形：

   • 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位在特定情况下（如员工造成经济损失、违反规章制度等）可以扣除员工工资，但扣除比例和条件有严格限制。例如，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 稽查本身并不构成扣工资的合法理由。除非稽查发现用人单位存在违法行为，且该违法行为与员工工资直接相关（如用人单位因违法被罚款，试图通过扣员工工资来转嫁成本），但这种做法同样违法。

3. 员工权益保护：

   • 若员工认为稽查或用人单位扣工资的行为违法，有权向劳动行政部门投诉，要求其进行调查并处理。
   • 员工也可以通过劳动争议仲裁或诉讼途径，维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据（如工资条、银行流水、稽查通知等），以证明用人单位或稽查主体的违法行为。

建议：

• 对于员工而言，若遇到稽查扣工资的情况，首先应保持冷静，了解稽查的主体和目的。
• 若认为扣工资行为违法，应及时收集证据，并向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
• 对于用人单位而言，应严格遵守劳动法律法规，确保工资支付的合法性和合规性。若遇到稽查，应积极配合并提供相关证据，避免因违法行为而面临法律责任。

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