在二次退侦后，若由于时间久仍不能查清真相，案件的判决将依据现有证据和法律规定进行，具体分为以下几种情况：
证据充分，足以定罪：
- 即便案件经过二次退侦，只要检察机关或法院认为现有证据已经充分、确凿，能够证明犯罪嫌疑人的罪行，那么法院将依据这些证据作出有罪判决。
- 例如，在盗窃案件中，如果监控录像、目击者证言、指纹鉴定等证据都指向犯罪嫌疑人，且这些证据之间能够相互印证，形成完整的证据链，那么即使案件经过多次退侦，法院也会依法判决犯罪嫌疑人有罪。
证据不足，无法定罪：
- 如果经过二次退侦，案件仍然存在证据不足的情况，如关键证据缺失、证据之间存在矛盾无法排除等，那么根据“疑罪从无”的原则，法院将作出无罪判决。
- 例如，在故意伤害案件中，如果被害人无法提供明确的伤害者信息，且现场监控、目击者证言等证据也无法指向犯罪嫌疑人，那么法院可能会因证据不足而判决犯罪嫌疑人无罪。
证据部分充分，部分存疑：
- 在某些情况下，案件可能存在部分证据充分、部分证据存疑的情况。此时，法院将根据充分证据对犯罪嫌疑人的部分罪行进行判决，而对存疑部分则不予认定。
- 例如，在贩卖毒品案件中，如果检察机关能够证明犯罪嫌疑人贩卖了部分毒品，但对于其他指控的毒品贩卖行为则证据不足，那么法院将只对证据充分的贩卖行为进行判决。
法律背景与建议：
- 根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，刑事案件的判决必须以事实为依据，以法律为准绳。在证据不足的情况下，法院不得对犯罪嫌疑人作出有罪判决。
- 对于犯罪嫌疑人而言，如果案件经过二次退侦仍无法查清真相，且自身确实无罪，那么应积极配合调查，提供有利于自己的证据和线索，以维护自己的合法权益。
- 对于检察机关而言，应继续加强调查取证工作，尽可能收集更多、更充分的证据来支持指控。如果确实无法收集到足够证据，也应依法作出不起诉决定或建议法院作出无罪判决。
可能后果：
- 如果法院作出有罪判决，犯罪嫌疑人将面临相应的刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
- 如果法院作出无罪判决，犯罪嫌疑人将被释放，且其名誉和权利将得到恢复。同时，如果犯罪嫌疑人因案件被错误羁押或逮捕，还可以依法申请国家赔偿。
特殊情况说明：
- 在某些特殊情况下，如案件涉及国家安全、恐怖活动等重大社会利益时，即使证据不足，法院也可能根据法律规定和案件实际情况作出特殊处理。但这种情况极为罕见，且必须严格遵循法律程序和规定。
总结与建议：
- 案件经过二次退侦后仍无法查清真相时，法院将依据现有证据和法律规定进行判决。因此，对于犯罪嫌疑人而言，保持冷静、积极配合调查并提供有利于自己的证据和线索至关重要。
- 如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况和案件事实，为您提供专业、全面的法律建议。