拒绝配合行政调查的合法理由主要包括以下几种情况：
行政调查程序违法：
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关行政法规，行政机关在进行调查时，必须遵循法定程序，包括出示合法证件、表明身份、说明调查事项和依据等。
- 合法理由：若行政机关未依法履行上述程序，如未出示证件或未说明调查事项，被调查人有权拒绝配合。这是因为程序违法可能导致调查结果的合法性受到质疑，保护被调查人的合法权益不受侵害。
调查事项超出法定权限：
- 法律依据：行政机关的调查权限由法律、法规明确规定，不得超越其职权范围进行调查。
- 合法理由：若行政机关调查的事项明显超出其法定权限，如调查与本机关无关的事项，被调查人可以拒绝配合。这是因为行政机关无权对非其管辖范围内的事项进行调查，被调查人有权保护自己的隐私和合法权益。
调查行为可能侵犯合法权益：
- 法律依据：根据《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国民法典》等相关法律，公民的合法权益受法律保护，不得非法侵犯。
- 合法理由：若行政机关的调查行为可能侵犯被调查人的合法权益，如非法搜查、扣押财物等，被调查人有权拒绝配合，并可以依法维护自己的权益。在这种情况下，拒绝配合是保护自身合法权益的合法手段。
存在合理的怀疑或证据表明调查不合法：
- 法律依据：虽然法律未明确规定此点，但基于法治原则和公民权利保护，被调查人有权对调查的合法性进行合理怀疑。
- 合法理由：若被调查人有合理的怀疑或证据表明行政机关的调查行为可能不合法，如调查人员存在违法行为、调查目的不正当等，被调查人可以拒绝配合，并有权要求行政机关提供合法的调查依据和程序说明。
在拒绝配合行政调查时，被调查人需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：拒绝配合行政调查时，被调查人应保持冷静和理性，避免与调查人员发生冲突或过激行为。
- 明确拒绝理由：被调查人应明确说明拒绝配合的理由，并要求行政机关提供合法的调查依据和程序说明。
- 依法维护权益：若行政机关坚持进行不合法或超出权限的调查，被调查人可以依法向有关部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
若被调查人无正当理由拒绝配合行政调查，可能面临的法律后果包括：
- 行政处罚：根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律，无正当理由拒绝配合行政调查的，行政机关可以依法给予行政处罚，如罚款、警告等。
- 影响个人信用：在某些情况下，无正当理由拒绝配合行政调查的行为可能被记录在个人信用记录中，对个人信用产生不良影响。
- 承担法律责任：若拒绝配合行政调查的行为构成妨碍公务等违法行为，被调查人可能面临更严重的法律责任，如拘留、有期徒刑等。
建议：在面对行政调查时，被调查人应首先了解调查的性质、目的和法律依据，确保自己的权益不受侵害。若对调查行为存在疑问或担忧，可以及时咨询专业律师，获取法律建议和支持。