针对您提出的“善意取得虚开增值税专用发票超过5年怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规及政策规定，为您详细解答。

首先，我们需要明确“善意取得”的界定。根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》等文件，善意取得需同时满足以下条件：购货方不知情、以正常价格购入、发票内容与实际相符，且无证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得。

对于善意取得虚开的增值税专用发票，即使超过5年，其处理原则依然遵循以下方面：

1. 行政处理：

   • 补缴税款与滞纳金：若税务机关认定纳税人善意取得虚开发票，纳税人需补缴因抵扣该发票而产生的税款，并可能加收滞纳金（自滞纳税款之日起按日万分之五计算）。这一处理并不受时间限制，即使超过5年，一旦发现仍需补缴。
   • 罚款：虽不构成偷税但存在过错的，税务机关可处5万元以下罚款；情节严重者可处5万元以上50万元以下罚款。罚款的适用同样不受时间限制，关键在于是否存在过错及情节严重程度。

2. 刑事责任豁免：

   • 善意取得虚开发票不承担刑事责任，这是与恶意取得的重要区别。但需注意，若后续发现购货方在取得发票时存在明知或应知而不知的故意，则可能转化为恶意取得，面临刑事处罚。

3. 其他注意事项：

   • 退税申请：若已申报出口退税且涉及虚开发票，需主动向税务机关报告并退回已退税款，以避免进一步的行政处罚。
   • 配合调查：提供交易合同、付款凭证、物流单据等材料证明交易真实性，以支持善意取得的认定。
   • 风险防范：建议企业强化供应商管理，完善内控机制，加强税法培训，以降低未来再次发生类似情况的风险。

针对您提到的“超过5年”的情况，虽然时间因素在税务处理中可能影响某些具体措施的适用（如某些税收优惠政策的时效性），但对于善意取得虚开发票的行政处理和刑事责任豁免原则，时间并不是决定性因素。关键在于是否满足善意取得的构成要件，以及是否存在过错或违法行为。

因此，即使善意取得虚开增值税专用发票超过5年，一旦被发现，纳税人仍需补缴税款及滞纳金，并可能面临罚款。但重要的是，善意取得本身不构成刑事犯罪，不会因此承担刑事责任。

希望以上解答能够为您提供清晰、详细、有深度的帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。